| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 38 (1.660) | 17 (1.100) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
13/190 | 0.2 | 45.2% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 2176447 = | 23 (1.000) | noncoding (114/114 nt) | rrf5 | 5S ribosomal RNA | |||||
TACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTG‑TTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAA > CP000730/2176311‑2176576 | ttgacatattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattacaaaacTGcc > 2:39951‑M2/138‑141 (MQ=255) aCATTTCCCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTG‑TTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTg < 2:460597/141‑1 (MQ=255) catattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttcaccaaaatttgattataaaacTGCCTGGc > 2:69871‑M2/134‑141 (MQ=255) catattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGc > 2:351805‑M2/134‑141 (MQ=255) cGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCCTC‑TTCGTTGAGCTGTTCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTAct < 2:102512/141‑1 (MQ=11) tCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTG‑TTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTActct > 2:295270/1‑141 (MQ=39) ttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatttttttttttttattttttaaccaaaatttgattaaaatacTGCCTGGAaaccttctcgtctcc > 2:197957‑M2/119‑134 (MQ=255) aatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa > 2:436419‑M2/114‑141 (MQ=255) ttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataccttttttatcttgtccattttactttttaaccaaaatttgatcaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGCAACGTAAGTTCGACTAc < 2:154560‑M2/43‑1 (MQ=255) tacctatcagaattaattgtacattttatcaacatttaattcaataacttttcttattgtgtccattttactttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTCGCATCGTTCTACTCTAGCCGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:127901‑M2/43‑1 (MQ=255) gaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc > 2:274325‑M2/90‑141 (MQ=255) aattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 2:308893‑M2/89‑141 (MQ=255) aattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 2:406112‑M2/89‑141 (MQ=255) ttccttGTG‑TTTTGCTTTATTTTCACGGTTTAGATATAAAAAACGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACGCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAg < 2:161457/141‑1 (MQ=11) gCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCTGTCTCAATGCGGCTCATCGCCTCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc > 2:90271/1‑141 (MQ=18) cttttcttttGCCGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt < 2:397252/141‑1 (MQ=18) atcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtg < 2:435663‑M2/70‑1 (MQ=255) ttATTTGGCCGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCATGGCATTGTTATCTTTTCTTATAGGGTAATTTCGACTTCCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg < 2:179122/141‑1 (MQ=2) caacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccgaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCGACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg > 2:128724‑M2/70‑141 (MQ=255) aagccaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaagtttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCAt < 2:21172‑M2/80‑1 (MQ=255) ttAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTTTTTTTTTTTGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAACGTCGACGTTCAGGAGCTGAACTTCTTTGTTCGGcttagggg > 2:331550/1‑134 (MQ=11) ataactttttttatctttttcattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTATCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGTGCTTAACTTCTGTGTTCGGCCTGggatc > 2:256518‑M2/56‑139 (MQ=255) gACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCGTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAg > 2:256180/1‑141 (MQ=21) actttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAgg < 1:7267‑M2/89‑1 (MQ=255) actttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCCTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAgg > 1:8059‑M2/53‑141 (MQ=255) ctttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt > 2:361235‑M2/52‑141 (MQ=255) cATAAAAAAAGAGACTTTGCGGTCTCAAGGCGGCTCATCGCATCCACGTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 2:157646/141‑1 (MQ=255) aaaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc < 2:253176/141‑1 (MQ=32) aaaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAc < 2:447592/141‑1 (MQ=32) ttatcgtgtccattttagtttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 2:36171‑M2/96‑1 (MQ=255) aaaaGGGTCCTTGCGGTCTCAAGGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 2:316033/141‑1 (MQ=12) aaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc > 2:54739/1‑141 (MQ=32) aaaaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTCAcc > 2:473978/1‑141 (MQ=17) aaGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTAATCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc < 2:87317/141‑1 (MQ=17) gaggCCGTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGGAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcct < 2:441421/141‑1 (MQ=12) gaCTTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCCTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTg < 2:80964/141‑1 (MQ=17) gcaaggTCTCAATGCGGCCCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGCCCTCCTTCCtaa > 2:124044/5‑140 (MQ=11) attttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata < 2:338032‑M2/107‑1 (MQ=255) cGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGACTATAACGGAACGTAATTTCCCCTTTTATCGACGTGATGTAGCTTATCTTCTGTGTTAGGCATGGTGACAGGTGTG‑CCTCCCTGccgctacc > 2:60750/1‑134 (MQ=2) ttattttttaaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCAACTCAAGCTGTACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACACGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 2:245644‑M2/110‑1 (MQ=255) cAATGCGGCTTATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg > 2:336032/1‑141 (MQ=17) tttaaccaaaattttattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:154073‑M2/116‑1 (MQ=255) aTGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGAc < 2:379133/141‑1 (MQ=32) aaccaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACATGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat > 2:107356‑M2/23‑141 (MQ=255) accaaaatttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACATCCTTCCTATAGTCCCCAGACata > 2:449813‑M2/22‑141 (MQ=255) cTCATCGCACCCACTTTTTGCCCGGCAACGTTCTACTCTAGCGCAACGTAAGTTCGACTACCATCGCCGCTAAGGAGCTTACCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa < 2:383385/141‑1 (MQ=11) atttgattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATg > 2:118229‑M2/16‑141 (MQ=255) gattaaaaaacTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACCGTTTTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGtaat < 2:326587‑M2/130‑2 (MQ=255) | TACATTTCTCGTTTCGTCAGATTCAAACGTTTTCACTTCGCCAAGCCATCTTTCTTTGTG‑TTTGCTTTTATTTTGACGTTTTAGACATAAAAAAAGAGACCTTGCGGTCTCAATGCGGCTCATCGCATCCACTTTTTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAA > CP000730/2176311‑2176576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |