| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1747377 = | 21 (0.280) | 46 (0.660) | 39/268 | 0.8 | 69.8% | coding (2072/2280 nt) | secDF | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| ? | CP000730 | = 1747373 | 20 (0.290) | coding (2076/2280 nt) | secDF | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter | |||||
TTTCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAAACGTTACG > CP000730/1747238‑1747520 | ttttttcacctgactttttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaacttcgacta > 2:519818‑M1/140‑142 (MQ=255)ttttttcaactgacgttttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaa < 1:817377‑M1/1‑1 (MQ=255)tttCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACaa < 2:351370/149‑1 (MQ=255) cTGACGTTTTGTAATGATACCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTg < 2:197644/149‑1 (MQ=255) gtcgttttttctttattccccattgcggagtggaaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATa > 1:353998‑M1/129‑140 (MQ=255) gTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAAt < 2:26202/149‑1 (MQ=255) tttttCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATAc > 2:30496/1‑149 (MQ=255) tttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGt < 1:957889‑M1/17‑1 (MQ=255) cATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCCCCGAAGAATAGAATAGCAACTACTACTACAATAACGTTTAATAcgatat > 2:14841/1‑144 (MQ=255) ttattCCCCGTACCAGAACGGCAAGGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTCATACTGTATTa < 2:143691/149‑1 (MQ=255) tattccccttatcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTg > 1:316662‑M1/116‑140 (MQ=255) tattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcgACTACTACAATAACTGttaatcgtg < 1:620282‑M1/25‑5 (MQ=255) ccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTAtt < 1:89547‑M1/29‑1 (MQ=255) cATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCATAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGCTGAATATCGTAGGAGCAGCGAAGAACAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATGAATTGAACg < 2:22244/149‑1 (MQ=255) atagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagcacattaaagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAAtt < 1:941620‑M1/33‑1 (MQ=255) atagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAAtt < 1:982989‑M1/33‑1 (MQ=255) ggAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACCATAACTGTTCATACTGTATTAATTGAACGTGTCAt > 2:240139/1‑149 (MQ=255) agcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGa < 1:243781‑M1/35‑1 (MQ=255) agcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGa < 1:837021‑M1/35‑1 (MQ=255) gcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGaa < 1:264769‑M1/36‑1 (MQ=255) gcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGaa < 1:243936‑M1/36‑1 (MQ=255) gaacggcaatgaacattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcggaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACgt > 1:321443‑M1/102‑140 (MQ=255) aggCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCTATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATtgtc < 2:136303/148‑1 (MQ=255) gtctatgaagtttgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCa > 1:196764‑M1/98‑140 (MQ=255) aaTGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATtgtctgtc < 2:108692/149‑1 (MQ=255) gtaatgaagattgaagagaatactccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCAt > 1:899334‑M1/97‑140 (MQ=255) aaGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAGTTGAACGTGTCCTTGTCTGTCTAAt > 2:460545/1‑149 (MQ=255) tgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGGGTCATtgtc < 1:345977‑M1/48‑1 (MQ=255) tttgagagAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGAt < 2:600056/145‑1 (MQ=255) ttGAAGAGCATACACCAGAAATCAATACGATAACTAATGCTACAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACCATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGAt < 2:533037/149‑1 (MQ=255) ttGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGAt < 2:476370/149‑1 (MQ=255) tgaagtgaatacaacagaaatcaagccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaataggatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTaa > 1:505420‑M1/86‑140 (MQ=255) aatacacctgaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCt > 1:213347‑M1/79‑140 (MQ=255) acaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggggcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTAtt < 1:142694‑M1/65‑1 (MQ=255) accagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGCTCTATTaa < 1:477930‑M1/67‑1 (MQ=255) aGAACTCAAACCGATAAATAATTCTAAAGGAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAAGAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATatcat < 2:3964/149‑1 (MQ=255) atcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATatc < 1:180054‑M1/74‑1 (MQ=255) atcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAAAACCGGGGTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGTTatc < 1:190168‑M1/74‑1 (MQ=255) tcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaagagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATatca < 1:786739‑M1/75‑1 (MQ=255) caatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGACAGACTAATTGAACTAATAACGCTatcat < 1:447737‑M1/76‑1 (MQ=255) tatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATatcatc > 1:660415‑M1/64‑140 (MQ=255) tcctataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCaa > 1:368689‑M1/62‑140 (MQ=255) tccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCaa < 1:180184‑M1/79‑1 (MQ=255) ataaataatgctaatggaaagttgactcctggtggattttcgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTg > 1:683143‑M1/58‑140 (MQ=255) aaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGtt > 1:949452‑M1/56‑140 (MQ=255) taaagtaaagTTGAATATCGGAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTGAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCa < 2:266405/149‑1 (MQ=255) gctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCtgttgt > 1:39963‑M1/49‑140 (MQ=255) aagtaaagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACt < 2:392073/149‑1 (MQ=255) aagtaaagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACt < 2:540395/149‑1 (MQ=255) taaagttggatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATc > 1:100771‑M1/42‑140 (MQ=255) gctgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACtt > 1:589721‑M1/38‑140 (MQ=255) tgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACGACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTTTTAACGATATCATCAATTTGTTCTTTTTTCGTGATAACTTTa < 1:289418‑M1/105‑1 (MQ=255) cgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCtttt < 1:769061‑M1/112‑1 (MQ=255) taggagtaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGt > 1:213122‑M1/27‑140 (MQ=255) taggagaaccgaaaaatagtataacaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGt > 1:271455‑M1/27‑140 (MQ=255) ggagcaccgaagaatagtatagcaACTCCTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGACTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTaa > 1:701690‑M1/25‑140 (MQ=255) gaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCAc > 1:696007‑M1/17‑140 (MQ=255) gaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCAc < 1:108627‑M1/124‑1 (MQ=255) gaaTAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATAATCAATTTGTTCTGTTGTCGTACTACCTTTAACCTTTTGTAAGtttcatgtcacacggt > 2:357484/1‑136 (MQ=255) aagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTGCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACg < 1:24589‑M1/125‑1 (MQ=255) aagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATATATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACg < 1:735287‑M1/125‑1 (MQ=255) agaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTATTCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGt < 1:827194‑M1/126‑1 (MQ=255) agtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACTTACACg < 1:201392‑M1/131‑1 (MQ=255) gtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTGTTTATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGTTTTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTTTCGTAGTTACTCTACGCTTTTGTAAGTTATTAcgtacatgg < 1:143491‑M1/132‑4 (MQ=255) cAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTAATTGTCTGTCTTATTGATCTATTAACGATATCATCAGTTTGTTATGTTGTCGTATTCACATTAACCTTTTGTATGTTTTCAGGGGCGCGGTCACACTTTagc > 2:20078/1‑147 (MQ=255) gcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATAATCTGGCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCaaa < 1:531860‑M1/137‑1 (MQ=255) ctactactaCAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAAAc < 1:970530/140‑1 (MQ=255) caACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAACTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAAAc > 1:332418‑M1/3‑140 (MQ=255) caACTACGAAAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAAAc > 1:511985‑M1/3‑140 (MQ=255) | TTTCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAAACGTTACG > CP000730/1747238‑1747520 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |