| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1747377 = | 21 (0.280) | 46 (0.660) | 39/268 | 0.8 | 69.8% | coding (2072/2280 nt) | secDF | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| ? | CP000730 | = 1747373 | 20 (0.290) | coding (2076/2280 nt) | secDF | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter | |||||
TTTTTTCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAAACGTTACG > CP000730/1747235‑1747520 | ttttttCACCTGACTTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAacttcgacta > 2:519818‑M2/1‑139 (MQ=255)ttttttCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAa < 1:817377‑M2/140‑2 (MQ=255) tttCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACaa < 2:351370/149‑1 (MQ=255) cTGACGTTTTGTAATGATACCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTg < 2:197644/149‑1 (MQ=255) gtcgtTTTTTCTTTATTCCCCATTGCGGAGTGGAAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaata > 1:353998‑M2/3‑128 (MQ=255) gTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAAt < 2:26202/149‑1 (MQ=255) tttttCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgt < 1:957889‑M2/140‑18 (MQ=255) tttttCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATAc > 2:30496/1‑149 (MQ=255) cATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCCCCGAAGAATAGAATAGCAACTACTACTACAATAACGTTTAATAcgatat > 2:14841/1‑144 (MQ=255) ttattCCCCGTACCAGAACGGCAAGGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTCATACTGTATTa < 2:143691/149‑1 (MQ=255) tattCCCCTTATCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactg > 1:316662‑M2/1‑115 (MQ=255) tattCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCGactactacaataactgttaatcgtg < 1:620282‑M2/140‑26 (MQ=255) ccccATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtatt < 1:89547‑M2/140‑30 (MQ=255) cATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCATAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGCTGAATATCGTAGGAGCAGCGAAGAACAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATGAATTGAACg < 2:22244/149‑1 (MQ=255) aTAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGCACATTAAAGCAactactacaataactgttaatactgtattaatt < 1:941620‑M2/140‑34 (MQ=255) aTAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaatt < 1:982989‑M2/140‑34 (MQ=255) aGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattga < 1:243781‑M2/140‑36 (MQ=255) aGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattga < 1:837021‑M2/140‑36 (MQ=255) gCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaa < 1:264769‑M2/140‑37 (MQ=255) gCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaa < 1:243936‑M2/140‑37 (MQ=255) ggAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACCATAACTGTTCATACTGTATTAATTGAACGTGTCAt > 2:240139/1‑149 (MQ=255) gAACGGCAATGAACATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGGAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgt > 1:321443‑M2/1‑101 (MQ=255) aggCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCTATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATtgtc < 2:136303/148‑1 (MQ=255) gtctatgaaGTTTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtca > 1:196764‑M2/5‑97 (MQ=255) gtaatgAAGATTGAAGAGAATACTCCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcat > 1:899334‑M2/3‑96 (MQ=255) aaTGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATtgtctgtc < 2:108692/149‑1 (MQ=255) tGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgggtcattgtc < 1:345977‑M2/140‑49 (MQ=255) aaGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAGTTGAACGTGTCCTTGTCTGTCTAAt > 2:460545/1‑149 (MQ=255) tttgagagAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGAt < 2:600056/145‑1 (MQ=255) ttGAAGAGCATACACCAGAAATCAATACGATAACTAATGCTACAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACCATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGAt < 2:533037/149‑1 (MQ=255) ttGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGAt < 2:476370/149‑1 (MQ=255) tGAAGTGAATACAACAGAAATCAAGCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGGATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaa > 1:505420‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTACACCTGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatct > 1:213347‑M2/1‑78 (MQ=255) acacCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGGGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctatt < 1:142694‑M2/140‑66 (MQ=255) acCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgctctattaa < 1:477930‑M2/140‑68 (MQ=255) aGAACTCAAACCGATAAATAATTCTAAAGGAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAAGAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATatcat < 2:3964/149‑1 (MQ=255) atcaatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatc < 1:180054‑M2/140‑75 (MQ=255) atcaatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaaaaccggggtaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgttatc < 1:190168‑M2/140‑75 (MQ=255) tcaatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAAGAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatca < 1:786739‑M2/140‑76 (MQ=255) caatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgacagactaattgaactaataacgctatcat < 1:447737‑M2/140‑77 (MQ=255) tatccGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatc > 1:660415‑M2/2‑63 (MQ=255) tcCTATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaa > 1:368689‑M2/1‑61 (MQ=255) tcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaa < 1:180184‑M2/140‑80 (MQ=255) ataaataaTGCTAATGGAAAGTTGACTCCTGGTGGATTTTCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttg > 1:683143‑M2/1‑57 (MQ=255) aaataaTGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgtt > 1:949452‑M2/1‑55 (MQ=255) gCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgt > 1:39963‑M2/1‑48 (MQ=255) taaagtaaagTTGAATATCGGAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTGAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCa < 2:266405/149‑1 (MQ=255) aagtaaagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACt < 2:392073/149‑1 (MQ=255) aagtaaagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACt < 2:540395/149‑1 (MQ=255) taaagtTGGATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatc > 1:100771‑M2/1‑41 (MQ=255) gctgaATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactt > 1:589721‑M2/3‑37 (MQ=255) tGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAacgactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatcttttaacgatatcatcaatttgttcttttttcgtgataacttta < 1:289418‑M2/140‑106 (MQ=255) cGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaacctttt < 1:769061‑M2/140‑113 (MQ=255) tAGGAGTACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgt > 1:213122‑M2/1‑26 (MQ=255) tAGGAGAACCGAAAAATAGTATAACAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgt > 1:271455‑M2/1‑26 (MQ=255) ggAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactcctacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgactaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaa > 1:701690‑M2/1‑24 (MQ=255) gaagaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcac < 1:108627‑M2/140‑125 (MQ=255) gaagaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcac > 1:696007‑M2/1‑16 (MQ=255) aagaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgtgctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacg < 1:24589‑M2/140‑126 (MQ=255) aagaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatatattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacg < 1:735287‑M2/140‑126 (MQ=255) agaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtattcactttaaccttttgtaagttttcacgt < 1:827194‑M2/140‑127 (MQ=255) gaaTAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATAATCAATTTGTTCTGTTGTCGTACTACCTTTAACCTTTTGTAAGtttcatgtcacacggt > 2:357484/1‑136 (MQ=255) aGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacttacacg < 1:201392‑M2/140‑132 (MQ=255) gTATAGCAactactacaataactgttaatactgtgtttattgaacgtgtcattgtctgtctaattgttttattaacgatatcatcaatttgttctgttttcgtagttactctacgcttttgtaagttattacgtacatgg < 1:143491‑M2/140‑133 (MQ=255) gCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcataatctggctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggtcaaa < 1:531860‑M2/140‑138 (MQ=255) cAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaactgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggtcaaac > 1:332418‑M2/1‑2 (MQ=255) cAactacgaaaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggtcaaac > 1:511985‑M2/1‑2 (MQ=255) cAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTAATTGTCTGTCTTATTGATCTATTAACGATATCATCAGTTTGTTATGTTGTCGTATTCACATTAACCTTTTGTATGTTTTCAGGGGCGCGGTCACACTTTagc > 2:20078/1‑147 (MQ=255) | TTTTTTCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAAACGTTACG > CP000730/1747235‑1747520 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |