New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 512620 =57 (1.090)31 (0.860)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
26/180 NT 44.1% intergenic (+688/‑173) recR/rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
?CP000730 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+5) USA300HOU_t0050/rrf4 tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGT  >  CP000730/512480‑512757
                                                                                                                                            |                                                                                                                                         
aGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGATGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa                                                                                                                                           >  1:307289/1‑141 (MQ=255)
   acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                        >  1:17128‑M1/138‑141 (MQ=255)
     acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg                                                                                                                                      <  2:385618‑M1/6‑1 (MQ=255)
     acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatagtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg                                                                                                                                      <  2:389136‑M1/6‑1 (MQ=255)
      ttCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGACGATTAATTTTAAAAAGt                                                                                                                                     >  1:226660/1‑141 (MQ=255)
         aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTAATGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCATGTATAATATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAAAGCTAAACCTAAGAAATAACTTGAATTACTAACAAAAATTAATTTTAAAAAATTAt                                                                                                                                  >  2:110024/1‑141 (MQ=255)
           tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTg                                                                                                                                <  2:420987‑M1/12‑1 (MQ=255)
            cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                               <  1:151974‑M1/13‑1 (MQ=255)
                    cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                       <  1:98870/141‑1 (MQ=255)
                    aaaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAGTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                       <  1:603430/140‑1 (MQ=255)
                     aaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                      <  2:53474/141‑1 (MQ=255)
                      acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                     <  2:589450‑M1/23‑1 (MQ=255)
                       agggtgaaTGTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGCATAGTCTTTATTTGTTGCGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAAGAACTTGAATTACTACACAAAACGCATTTTAAAAACTACATGACTTaaactgaa                                                                                                                    >  2:421456/7‑136 (MQ=255)
                        acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                   >  1:461075‑M1/117‑139 (MQ=255)
                           gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatagaatggacaagataaAAGAAGTTCTTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                <  1:436342‑M1/28‑1 (MQ=255)
                           gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                >  1:127132‑M1/114‑141 (MQ=255)
                             agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                              >  1:593260‑M1/112‑141 (MQ=255)
                                ttttACTGTTGTTAAGCAGTTTTAAAGCCTGAATAATATTTATTTGTTGATGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                           <  2:447849/141‑1 (MQ=255)
                                 aagctccgtagcggcgatggtagtcgaactcacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                          >  2:387608‑M1/108‑141 (MQ=255)
                                  ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAACGTTAATAAAATGtat                                                                                                         <  1:455378/141‑1 (MQ=255)
                                  agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                         <  1:579622‑M1/35‑1 (MQ=255)
                                   tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGACTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAAAACTCAACTTAAGAAATAATTTGAATTATTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGATTTAAATGTTAATAAAATGtata                                                                                                        >  2:552128/1‑141 (MQ=255)
                                   gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                        <  1:551906‑M1/36‑1 (MQ=255)
                                   gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                        <  2:250573‑M1/36‑1 (MQ=255)
                                    ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgcttgggtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                       >  2:333996‑M1/105‑141 (MQ=255)
                                     tccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgatccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                      <  2:356685‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                      ccttagcggcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                     >  2:389219‑M1/103‑141 (MQ=255)
                                       gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACAAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaaata                                                                                                    >  1:55385/1‑141 (MQ=255)
                                         tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                  >  2:481103/1‑141 (MQ=255)
                                         tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                  <  2:556634‑M1/42‑1 (MQ=255)
                                           gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtgaaattaatgc                                                                                                <  2:76268‑M1/44‑3 (MQ=255)
                                              tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcacattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTcttt                                                                                             <  2:32173‑M1/47‑2 (MQ=255)
                                              tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                             <  2:525665‑M1/47‑1 (MQ=255)
                                              aGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTAATAAAATAGATAATTAATTCTTg                                                                                             >  1:262499/1‑141 (MQ=255)
                                               gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                            >  1:556610/1‑141 (MQ=255)
                                                 aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCg                                                                                          >  2:95454/1‑141 (MQ=255)
                                                   ggtagtcggacttacgttccgctagcgtaggctgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAGAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTGGGt                                                                                        <  2:432643‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                                   ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTcggg                                                                                        <  1:201593‑M1/52‑2 (MQ=255)
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                                                       aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                    >  1:578262/1‑141 (MQ=255)
                                                       aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                    >  1:21159/1‑141 (MQ=255)
                                                       aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTATGAGTATCGTGTGACTTAAATGTTAATAAATTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                    >  1:473379/1‑141 (MQ=255)
                                                        aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGCAAGaa                                                                                   >  2:220438/1‑141 (MQ=255)
                                                        aaGCCTGTATAGTATTTATTTCTTGAGGCAAACAAAACAACTCAAACTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                   <  2:287385/141‑1 (MQ=255)
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                                                           aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTAGGTAAGaaaaa                                                                                <  2:578304‑M1/60‑1 (MQ=255)
                                                               tataGTAGTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACACCTCAACTTCAGTAATAACTTGATTCACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                            >  2:431385/1‑141 (MQ=255)
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                                                                    tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACACAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                       <  1:299504/141‑1 (MQ=255)
                                                                         atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                  <  2:81602/141‑1 (MQ=255)
                                                                          tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAATAAATAACTTGAATTACTAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                 <  2:57830/141‑1 (MQ=255)
                                                                          agagtagaacgttgacaggcaattttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGCTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGACAAATGAACAttgaaagct                                                                 <  2:418257‑M1/75‑4 (MQ=255)
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                                                                             gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACGTAATTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAGGAACATTGAAAACTGaa                                                              >  1:292142/1‑141 (MQ=255)
                                                                               agaacgttgagaggcaaatttttaatcaaattttggttaaaaaagaaaatgaacaagataaAAAAAGTTCTTGACTTAAATGTAGATAAAATGTACACTTATTTCTTGTAGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                            >  2:459727‑M1/62‑141 (MQ=255)
                                                                                gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAGGAATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                           >  1:416117/1‑141 (MQ=255)
                                                                                gAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATATTTAGGATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                           >  1:416279/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttcaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGCATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                      >  1:408909‑M1/56‑141 (MQ=255)
                                                                                     ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                      <  1:308338‑M1/86‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                             aCGAAAAGTAATTTAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACTTTAATTCCAAAACACGTAACTATACGTTACaa              <  1:221631/141‑1 (MQ=37)
                                                                                                                                 ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat          <  2:137835‑M1/130‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                         tttAAAAACTTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt  <  1:162081/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                         
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGT  >  CP000730/512480‑512757

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.