| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000730 | 338068 = | 110 (1.590) | 4 (0.060) | 4/282 | 2.1 | 4.0% | coding (2206/4440 nt) | essC | virulence protein EssC |
| ? | CP000730 | 338130 = | 90 (1.390) | coding (2268/4440 nt) | essC | virulence protein EssC | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AGGTGGGGGTATGGCGAACTTATTTAAAGATTTAGTCCATTTAGTTGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTATTTAAAGAAGGTATTGCGACAGAACCAATGCCACATTTATTCATTATTTCCGATGAGTTTGCCGAATTAAAATCAGAACAACCTGATTTTATGAAAGAACTTGTATCAACGGCACGTATTGGACGT > CP000730/337980‑338280 | ggcaaactcatcggaaataatgaataaatgtggcattggttctgtcgcaataccttctttaaataacttatggtattgattaatatggTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAAc > 1:1031080‑M1/89‑151 (MQ=255) ggTGGGGGTATGGCGAACTTATTTAAAGATTTAGTCCATTTAGTTGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAAcc > 1:299736/1‑151 (MQ=255) gTGGGGGTATGGCGAACTTATTTAAAGATTTAGTCCATTTAGTTGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCa > 2:206870/1‑151 (MQ=255) 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tAAAGATTTAGTCCATTTAGTTGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTa < 1:26111/151‑1 (MQ=255) tAAAGATTTAGTCCATTTAGTTGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTa > 1:183849/1‑151 (MQ=255) tAAAGATTTAGTCCATTTAGTTGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTa < 2:1005704/151‑1 (MQ=255) aaGATTTAGTCCATTTAGTTGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTAtt > 1:214641/1‑151 (MQ=255) aaGATTTAGTCCATTTAGTTGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTAtt < 2:879630/151‑1 (MQ=255) 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ttGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTATTTAAAGAAGGTATTGCGAc < 2:513012/151‑1 (MQ=255) ttGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTATTTAAAGAAGGTATTGCGAc < 1:713330/151‑1 (MQ=255) tGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTATTTAAAGAAGGTATTGCGACa > 2:665153/1‑151 (MQ=255) tGGTACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTATTTAAAGAAGGTATTGCGACa > 1:227897/1‑151 (MQ=255) tACGATTACAAACTTAGATGGCGATGAAGCGATGCGTGCCTTAACATCAATCAAAGCCGAATTGAGAAAACGTCAACGTTTATTCGGAGAGCATGATGTTAACCATATTAATCAATACCATAAGTTATTTAAAGAAGGTATTGCGACAGaa < 1:1039582/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |