| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2748154 = | 15 (0.510) | 3 (0.110) | 3/282 | 1.3 | 17.5% | intergenic (‑119/+75) | acsA2/USA300HOU_2603 | acetate‑‑CoA ligase/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2748202 = | 14 (0.500) | intergenic (‑167/+27) | acsA2/USA300HOU_2603 | acetate‑‑CoA ligase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTCAGGCGCGAATAGAGCTGACTTTTGCATAACTAACTTCCTTTCATACATCCACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCATATCAGCTAATTCAATACGAATATTGTATGATAATTCACGATTAATTATTTTTACATCTGCACCTTTC > CP000730/2748005‑2748304 | aaaattcagctgagtacaagcatacacacaagcatcgtggcacttcgaaaggtgcagatgtaaaaataattaatcgtgaattatcatacaatattcgtattgaattagctgatatggtctagcccgagatatcaaccctcaatcatttgaa > 2:47942‑M1/150‑151 (MQ=255) cagctgagtacaagcatacacacaagcatcgtggcacttcgaaaggtgcagatgtaaaaataattaatcgtgaattatcatacaatattcgtattgaattagctgatatggtctagcccgagatatcaaccctcaatcatttcAAAGTCCt > 2:383525‑M1/144‑151 (MQ=255) gAATAGAGCTGACTTTTGCATAACTAACTTCCTTTCATACATCCACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGac < 2:194193/151‑1 (MQ=255) tGACTTTTGCATAACTAACTTCCTTTCATACATCCACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACtt > 2:223505/1‑151 (MQ=255) tGACTTTTGCATAACTAACTTCCTTTCATACATCCACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACtt > 2:137639/1‑151 (MQ=255) gCATAACTAACTTCCTTTCATACATCCACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGa > 1:190178/1‑151 (MQ=255) actaactTCCTTTCATACATCCACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAg < 2:154159/151‑1 (MQ=255) ggcacttcgaaaggtgcagatgtaaaaataattaatcgtgaattatcatacaatattcgtattgaattagctgatatggtctagcccgagatatcaaccctcaatcatttgAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCa > 2:121982‑M1/112‑151 (MQ=255) aaggtgcagatgtaaaaataattaatcgtgaattatcatacaatattcgtattgaattagctgatatggtctagcccgagatatcaaccctcaatcatttgAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCa > 1:294798‑M1/102‑151 (MQ=255) tCCACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAAt > 2:74924/1‑151 (MQ=255) tgcagatgtaaaaataattaatcgtgaattatcatacaatattcgtattgaattagctgatatggtctagcccgagatatcaaccctcaatcatttgAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATg > 1:99838‑M1/98‑151 (MQ=255) ccACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATg < 1:74924/151‑1 (MQ=255) cACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGa > 1:225348/1‑151 (MQ=255) ttATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCa < 1:137639/151‑1 (MQ=255) ttATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCa < 1:223505/151‑1 (MQ=255) tataCATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCATATCAGCTAATTCa > 2:147863/1‑151 (MQ=255) catcatACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCATATCAGCTAATTCAATAc > 2:420131/1‑151 (MQ=255) tATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCATATCAGCTAATTCAATACGAATATTGTAt < 1:261870/151‑1 (MQ=255) aTTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCATATCAGCTAATTCAATACGAATATTGTATGATAATTCACGa < 2:409210/151‑1 (MQ=255) ccAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCATATCAGCTAATTCAATACGAATATTGTATGATAATTCACGATTAATTATTTTTACATCTGCACCtt > 2:445832/1‑151 (MQ=255) AAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCATATCAGCTAATTCAATACGAATATTGTATGATAATTCACGATTAATTATTTTTACATCTGCACCTTTc < 1:441946‑M1/151‑1 (MQ=255) | TTTCAGGCGCGAATAGAGCTGACTTTTGCATAACTAACTTCCTTTCATACATCCACTTTTCCTGTGATGAACATTGTAATTTTATAAATGAATTATATACATCATACGCCTATCTTTACAGAATTTTCAATTAAATAGGGTTAAATACCAAAGTCCTCGACACTACACTTTGACATGACGTAGCATTCAAGGACTTTCAAATGATTGAGGGTTGATATCTCGGGCTAGACCATATCAGCTAATTCAATACGAATATTGTATGATAATTCACGATTAATTATTTTTACATCTGCACCTTTC > CP000730/2748005‑2748304 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |