| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2830200 | 65 (1.000) | 4 (0.070) | 4/236 | NT | 5.9% | intergenic (+28/+163) | icaC/USA300HOU_2670 | intercellular adhesion protein C/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 2830235 | 67 (1.120) | intergenic (+63/+128) | icaC/USA300HOU_2670 | intercellular adhesion protein C/hypothetical protein | |||||
CGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2830051‑2830200‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgcggtAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATCA < CP000730/2830235‑2830096 CGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 1:379068/1‑141CGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAAAAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 1:505849/1‑141 GATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA > 1:443417/1‑141 ATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAgc > 2:187608/1‑139 TATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA < 1:716083/141‑1 ATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGGATTCTAGATATTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAACTATGTAAAAAACAC < 2:248531/141‑1 TCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACG > 1:635363/1‑141 ACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCG < 1:93761/141‑1 CTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG > 2:777101/1‑141 CTACTACTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG < 1:531641/141‑1 TGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCA < 1:431559/141‑1 GATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCAC < 1:713995/141‑1 ATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 2:204127/141‑1 ATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTT < 2:214978/141‑1 AAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCA > 2:295542/1‑141 AACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACCTAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTTTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCAC > 1:231142/1‑141 AACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCAC > 1:123781/1‑141 ACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACG > 2:772689/1‑141 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCA < 1:105195/141‑1 CGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATA < 1:93832/141‑1 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATCA < 1:785862/141‑1 CGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2830051‑2830200‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgcggtAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTTTAACATAGCTTAATAATTAATAAGCATTAATGTTCAATTTATATGGTTGTTTTCCAATAATAAACCTAAAGATATAGAATTCACGCAATATCA < CP000730/2830235‑2830096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |