| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 599691 = | 55 (0.840) | 4 (0.070) | 3/240 | NT | 7.0% | coding (218/1176 nt) | yhaA | M20D subfamily peptidase |
| ? | CP000730 | 599743 = | 55 (0.910) | coding (166/1176 nt) | yhaA | M20D subfamily peptidase | |||||
ATCTAAAATCTCTGCTACAGTAAGTAAAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAATTCTTCAAAAGA > CP000730/599552‑599824 | aataaagaaaataaaacaattcaactcagacgttatttacaccaatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGc > 2:464311‑M1/140‑141 (MQ=255)aTCTAAAATATCTGCTACAGTAAGTAAGATTGCTGTATGACCATCATGCCTACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCAAATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGc < 1:92616/141‑1 (MQ=255) tCTAAAATCTCTGCTACAGTAAGTAAAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCa < 2:669146/141‑1 (MQ=255) ataaagaaaataaaacaattcaactcagacgttatttacaccaatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCa < 1:439910‑M1/3‑1 (MQ=255) aaagaaaataaaacaattcaacgcagacgttatttacaccaatatcctaagttatcttatgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAAt < 2:763228‑M1/5‑1 (MQ=255) aagaaaataaaacaattcaactcagacgttatttacaccaatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAATg < 1:47561‑M1/6‑1 (MQ=255) aagaaaataaaacaattcaactcagacgttatttacaccaatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAATg < 1:610901‑M1/6‑1 (MQ=255) aaaaaataaaacaattcaactcagacgttatttacaccaatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAATgg > 2:486181‑M1/135‑141 (MQ=255) aaaTCTCTGCTACAGTAAGTAAAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATgg > 2:63136/1‑141 (MQ=255) aaaataaaacaattcaactcagacgttatttacaccaatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAATGGTa > 1:670766‑M1/133‑141 (MQ=255) tGCTACAGTAAGTAAAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTcc < 1:120260/141‑1 (MQ=255) aagtaaAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCaa > 1:765461/1‑141 (MQ=255) agtaaAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAg > 1:270198/1‑141 (MQ=255) taaAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGcc < 2:370145/141‑1 (MQ=255) taaAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGcc > 1:140747/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCt > 2:656929/1‑141 (MQ=255) aaaTTGCTGTATGACCATCATGCCCACCCGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGAGTTATCCGGCACCTCACCAACTTCCTCGACCAGTACCGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCtt < 1:665121/141‑1 (MQ=255) aaaTTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCtt < 2:127718/141‑1 (MQ=255) aaTTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCttt > 2:628864/1‑141 (MQ=255) aaTTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCttt > 2:343081/1‑141 (MQ=255) ttGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTaa < 2:334688/141‑1 (MQ=255) tGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCGCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATACAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTaaa < 2:255193/141‑1 (MQ=255) tATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTgg < 2:291235/141‑1 (MQ=255) ccaatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGa > 1:246135‑M1/99‑141 (MQ=255) tcatGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATa < 2:594166/141‑1 (MQ=255) aatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATa > 2:743463‑M1/97‑141 (MQ=255) aatatcctgagttatcttttgaagaatttcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATa > 2:514362‑M1/97‑141 (MQ=255) atatcttgtgtgatcttgttaataattgcaaacacatgattatattgttaaccaattaagccagttatcttgtgatattgaaactcctatcggccGCAATTGTACTTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATAc > 2:466744‑M1/96‑141 (MQ=255) tGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCa > 1:62401/1‑141 (MQ=255) gcatgcatACATCCTGGATTTTTTTTTTTTTTAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTCAATGTGGCTTTGAttactttccggcgt > 2:424438/1‑128 (MQ=255) catgcatACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGAGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGa < 2:613258/141‑1 (MQ=255) gcatACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAg > 1:635341/1‑141 (MQ=255) tCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTc > 1:612471/1‑141 (MQ=255) ccTAGATNTTGATACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAAGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGTTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGCCTTTGATACCATTCCGGCCGATAGGAGTTTCa < 2:588709/141‑1 (MQ=255) aTTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATc < 1:373585/141‑1 (MQ=255) ttttAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATcac > 2:323288/1‑141 (MQ=255) ttttAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATcac > 1:490679/1‑141 (MQ=255) tttAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATcaca > 1:780344/1‑141 (MQ=255) tatttttatttggCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAg > 2:450541/12‑141 (MQ=255) tAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAg < 1:269978/141‑1 (MQ=255) tAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCGCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAg < 1:536843/141‑1 (MQ=255) aGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGa > 1:236611/1‑141 (MQ=255) aGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGa > 1:4664/1‑141 (MQ=255) aCTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCCCAAGATa > 2:29442/1‑141 (MQ=255) tataAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACt < 2:765461/141‑1 (MQ=255) taAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTgg > 1:258440/1‑141 (MQ=255) taAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTgg > 1:185423/1‑141 (MQ=255) aGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAAAGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCt < 2:482100/141‑1 (MQ=255) gCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTa > 1:775638/1‑141 (MQ=255) acaTCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAAt > 2:447496/1‑141 (MQ=255) cGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGt < 2:130002/141‑1 (MQ=255) ttAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTaa > 2:308789/1‑141 (MQ=255) tAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAAc > 2:211766/1‑141 (MQ=255) aaTTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACa > 1:318248/1‑141 (MQ=255) ttCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACaaa > 1:158139/1‑140 (MQ=255) tCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAata < 1:525974/141‑1 (MQ=255) tCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATaa < 2:710489/141‑1 (MQ=255) tAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATgtgt > 2:33374/1‑141 (MQ=255) aaCGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATTATCATGTGtt > 2:613259/1‑141 (MQ=255) aaCGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGtt > 1:735806/1‑141 (MQ=255) cGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTg < 1:343971/141‑1 (MQ=255) tCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAAt > 2:543906/1‑141 (MQ=255) cAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAAtt > 2:554085/1‑141 (MQ=255) aGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAATTCTTCaaa > 2:313634/1‑141 (MQ=255) aGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAATTCTTCaaa > 2:159878/1‑141 (MQ=255) gCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAATTCTTCaaaa < 1:184843/141‑1 (MQ=255) gCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAATTCTTCaaaa > 1:8949/1‑141 (MQ=255) tctTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAATTCTTCAAAAGa < 1:439293/141‑1 (MQ=255) | ATCTAAAATCTCTGCTACAGTAAGTAAAATTGCTGTATGACCATCATGCCCACACGCATGCATACATCCTGGATTTTTAGACTTATAAGGCACATCGTTTAATTCCTCGACAGGTAACGCATCAAAGTCAGCTCTTAATGCAATGGTAGGTCCTGTGCCCAAGCCTTTAAATGTGGCTTTGATACCATTGCGGCCGATAGGAGTTTCAATATCACAAGATAACTGGCTTAATTGGTTAACAATATAATCATGTGTTTGAAATTCTTCAAAAGA > CP000730/599552‑599824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |