| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2248208 = | 76 (1.170) | 4 (0.060) | 4/248 | NT | 5.2% | intergenic (+2/+128) | coaA/USA300HOU_2120 | possible pantothenate kinase/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2248263 = | 74 (1.180) | intergenic (+57/+73) | coaA/USA300HOU_2120 | possible pantothenate kinase/hypothetical protein | |||||
ATCGGTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAG > CP000730/2248069‑2248347 | ttaaaaactggcgtggttggtacaattgtttcagcgcaaaaattgtctaatgaacttacattttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaataa > 1:737942‑M1/140‑141 (MQ=255) taaaaactggcgtggttggtacaattgtttcagcgcaaaaattgtctaatgaacttacattttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaataaa < 2:251184‑M1/3‑1 (MQ=255) tCGGTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTtagaaaaatagaaaa < 1:446108/141‑1 (MQ=255) tggcgtggttggtacaattgtttcagcgcaaaaattgtctaatgaacttacattttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaatATAAGTCCAt < 1:101701‑M1/10‑1 (MQ=255) tcatttcatAATACCTCTTTATTCCGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACTCGTTTGCAAACCGTACTATGTTGAAATCTGCTCAATTTCAGGTGCTATTGGTGCAGTATATTTATACACATAGAAAAAGACCAtt < 2:484422/141‑1 (MQ=255) tcatttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACCATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCAtt < 1:255414/141‑1 (MQ=255) tttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTtat > 1:251184/1‑141 (MQ=255) ttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGCTTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATACTTAGACAAACAGAAAACGACCATTtata > 2:441794/1‑141 (MQ=255) ttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTtata < 2:628567/141‑1 (MQ=255) ttcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTtata > 2:441761/1‑141 (MQ=255) tcatAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTatat > 2:281059/1‑141 (MQ=255) tattaCGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGTTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTtaa < 1:581047/141‑1 (MQ=255) tattaCGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTtaa < 1:501764/141‑1 (MQ=255) tattaCGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTtaa > 1:197532/1‑141 (MQ=255) attaCGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTtaaa < 1:69674/141‑1 (MQ=255) ttaCGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTtaaat < 2:485984/141‑1 (MQ=255) aaaGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAACCCGTACTATGTTAAAACCCGCGCATTTTCATGTGTTATTTGTTCATTATATATAAAAAAAAAAAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGc < 2:389443/141‑1 (MQ=255) gTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑tat < 1:51012/141‑1 (MQ=255) tgtgGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑tatat > 1:516736/1‑141 (MQ=255) ttgtataatgaacttacattttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaatAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑tatata > 1:754014‑M1/98‑141 (MQ=255) tgtctcatgaactgacattttaattgaattgagttgtaaggaattaagtgataataaatagaacaatacgtattcaaaacacttagaccatataatAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATaa > 2:780811‑M1/97‑141 (MQ=255) tctaatgaacttacattttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaatAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAAt > 1:79972‑M1/95‑141 (MQ=255) gAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAAt > 2:66096/1‑141 (MQ=255) ttATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCt < 1:66096/141‑1 (MQ=255) ataCTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCttt < 2:293585/141‑1 (MQ=255) ataCTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCttt < 2:735141/141‑1 (MQ=255) aacttacattttaattgaattgagttgtaagtaattaagtgataataaatggaacaatacgtattcaaaacacttagaccataaaatAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCttt > 2:716088‑M1/88‑141 (MQ=255) aCTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCtttta > 2:532871/1‑141 (MQ=255) ttACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGGCCATTTATAT‑AGCGTTTATTTAAAACAACGCGCATATAAATGGTCtttttctattt < 2:268618/141‑8 (MQ=17) ttACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTtttattttat < 2:626291/141‑1 (MQ=255) aCGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATgg < 1:694203/141‑1 (MQ=255) aCGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATATTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATgg > 1:415460/1‑141 (MQ=255) cgcgGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGt > 2:26565/1‑141 (MQ=255) cgGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCt < 2:540101/141‑1 (MQ=255) cgGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCt < 1:369386/141‑1 (MQ=255) gCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAgtg > 2:445844/1‑141 (MQ=255) aaCCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGGAAAAGACCATTTATATGCGCGTGGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGttt > 1:665156/1‑141 (MQ=255) aCCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGtttt < 1:53496/141‑1 (MQ=255) cTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATAc > 2:70918/1‑141 (MQ=255) tATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACg > 2:366077/1‑141 (MQ=255) aTGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCAGTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGt < 2:537999/141‑1 (MQ=255) tGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGCGTGAGTGtttaattttcctc < 2:373975/141‑11 (MQ=255) gTTGAAAACGGCGCATGTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TAGATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTAt < 2:35199/141‑1 (MQ=255) 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aTTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATttatta < 1:654031/141‑1 (MQ=255) tttCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATc < 2:640669/141‑1 (MQ=255) ttCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCa < 1:380510/141‑1 (MQ=255) tCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCAc > 1:61735/1‑141 (MQ=255) cAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATGTGATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACt > 1:155920/1‑141 (MQ=255) aGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACtt > 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tGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAt > 2:315196/1‑141 (MQ=255) tGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAANACGTATTGTTCCNTTTATTATCACTTAAt < 1:441794/141‑1 (MQ=255) tGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGATGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAt > 1:399604/1‑141 (MQ=255) aTTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAttact < 1:93858/141‑1 (MQ=255) ttGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAttactt < 2:183576/141‑1 (MQ=255) ggTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAAttacttac > 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tatTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaatt < 1:277630/141‑1 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattc > 1:699099/1‑141 (MQ=255) atTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACtcaattc < 2:188882/141‑1 (MQ=255) agaaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTcaattcaatt > 1:651848/1‑141 (MQ=255) aaaaatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTaa > 1:25387/1‑141 (MQ=255) aatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTa < 1:512416/113‑1 (MQ=255) aatagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTa > 2:512416/1‑113 (MQ=255) atagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATg < 1:281059/141‑1 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt < 2:719502/141‑1 (MQ=255) tagaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGt > 1:729311/1‑141 (MQ=255) agaaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTa < 1:287918/141‑1 (MQ=255) aaaaaGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACATCTCAATTCAATTAAAATGTAAg < 2:76478/141‑1 (MQ=255) | ATCGGTTCTTCATTTCATAATAACGCTTTATTACGCAAAGTTGTGGAAGATTATACTGTGTTACGCGGTTGCAAACCGTACTATGTTGAAAACGGCGCATTTTCAGGTGCTATTGGTGCATTATATTTAGAAAAATAGAAAAAGACCATTTATATGCGCGTTGTTTTAAATAAACGC‑TATATAAATGGCCTTTTATTTTATGGTCTAAGTGTTTTGAATACGTATTGTTCCATTTATTATCACTTAATTACTTACAACTCAATTCAATTAAAATGTAAG > CP000730/2248069‑2248347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |