New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2333009 = | 70 (1.070) | 3 (0.050) | 3/234 | NT | 5.1% | intergenic (‑119/+249) | lacA/lacR | galactose‑6‑phosphate isomerase LacA subunit/lactose phosphotransferase system repressor |
? | CP000730 | 2333060 = | 48 (0.810) | intergenic (‑170/+198) | lacA/lacR | galactose‑6‑phosphate isomerase LacA subunit/lactose phosphotransferase system repressor |
CTGAACCAATAATAATCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGT > CP000730/2332869‑2333149 | atttgcattcatttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtc > 2:404810‑M1/141‑141 (MQ=255) atttgcattcatttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgtaacagcaatttttgaaaatacgtc < 1:206374‑M1/1‑1 (MQ=255) tttgcattcatttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCa > 2:424216‑M1/140‑141 (MQ=255) tGAACCAATAATAATCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaaca < 1:132322/141‑1 (MQ=255) tGAACCAATAATAATCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaaca < 1:249858/141‑1 (MQ=255) gAACCAATAATAATCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacat < 1:557593/141‑1 (MQ=255) tgcattcatttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATa > 1:348949‑M1/138‑141 (MQ=255) aaCCAATAATAATCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATGTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacata > 2:416188/1‑141 (MQ=255) aaCCAATAATAATCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATGTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacata > 1:354125/1‑141 (MQ=255) cAATAATAATCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacataaac < 2:426347/141‑1 (MQ=255) attcatttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATaaac > 2:706437‑M1/135‑141 (MQ=255) attcatttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATaaac > 1:672342‑M1/135‑141 (MQ=255) ttcatttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATaaaca < 2:460065‑M1/8‑1 (MQ=255) aataataatCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTAtaaacataaaca < 1:118961/141‑1 (MQ=255) aataataatCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTAtaaacataaaca < 1:77263/141‑1 (MQ=255) tcatttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATaaacaa > 2:256985‑M1/133‑141 (MQ=255) ataataatCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATGTATTGTTAGGGTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATaaacaa > 1:156287/1‑141 (MQ=255) atttatgggctattttttatgcaaatttatgtcaacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATaaacaaac > 1:643993‑M1/131‑141 (MQ=255) ataatCGCCATAATAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAaacaaaca > 2:552952/1‑141 (MQ=255) ataatCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAaacaaaca > 2:105515/1‑141 (MQ=255) ataatCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAaacaaaca < 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ccATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATc < 2:296874/141‑1 (MQ=255) taataaGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATAAAAAAAAAAAAAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAAc < 2:544855/141‑1 (MQ=255) aataaGTCTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACa < 2:659317/141‑1 (MQ=255) ataaGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACat < 1:532403/141‑1 (MQ=255) taaGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACata < 2:186840/141‑1 (MQ=255) aaGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTACTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataa < 1:427471/141‑1 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1:118479/141‑1 (MQ=255) tAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGTTTATGAAAATCTTAAGCAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATAAAAataatatgtttataatatgtt > 2:720479/1‑141 (MQ=255) caacgggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttataatatgtt > 2:517928‑M1/99‑141 (MQ=255) gggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaactaaaacaacaccccaatacgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATAtgtttgtt > 1:664090‑M1/95‑141 (MQ=255) ggaacctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATgtttgttt > 1:658492‑M1/94‑141 (MQ=255) gAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTAt > 1:327137/1‑141 (MQ=255) 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1:243834/141‑1 (MQ=255) CATAAACAAACAATATATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGt > 2:17157‑M1/1‑141 (MQ=255) CATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGt > 1:486201‑M1/1‑141 (MQ=255) CATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGt > 1:451130‑M1/1‑141 (MQ=255) CATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGt > 1:599689‑M1/1‑141 (MQ=255) | CTGAACCAATAATAATCGCCATAATAAGACTCCTTTTTACTTTAATTTTGAAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGT > CP000730/2332869‑2333149 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |