| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 370467 = | 60 (0.920) | 4 (0.070) | 4/234 | NT | 7.7% | intergenic (+15/+112) | nanE/USA300HOU_0339 | N‑acylglucosamine‑6‑phosphate 2‑epimerase/hypothetical membrane protein |
| ? | CP000730 | 370547 = | 41 (0.690) | intergenic (+95/+32) | nanE/USA300HOU_0339 | N‑acylglucosamine‑6‑phosphate 2‑epimerase/hypothetical membrane protein | |||||
AAAAGAAATTACGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTAATTTCAGTTGCT > CP000730/370410‑370687 | aaaaGAAATTACGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATAAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTtttgttt > 2:677059/1‑141 (MQ=255) aaGAAATTACGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTttgtttgt < 2:193267/141‑1 (MQ=255) aaGAAATTACGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTttgtttgt > 1:210461/1‑141 (MQ=255) aGAAATTACGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTtgtttgtt > 1:593042/1‑141 (MQ=255) aGAAATTACGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAAAGTAAATGATTAAAATAATAGAACGAGATGGACATGATTAATTAGAGGCACCTAGTTATCTTAGGTGGCTGAAAGAGTGTAATGGGTTCATCTCGTTTtgtttgtt < 2:55450/141‑1 (MQ=255) aaaTTACGAAACGTTTTGTGCAAATTAGGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGCGATGACCATCATTAATTAAAGGCAACTAATAACCCTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTa > 2:785272/1‑141 (MQ=255) ttacttatttttggataaagttgaaaataaaatcactatcataaacaaacAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATg < 2:771944‑M1/91‑1 (MQ=255) ttACGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGa > 2:554019/1‑141 (MQ=255) aCGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATa > 2:91257/1‑141 (MQ=255) ttatttttggataaagttgaaaataaaatcactatcataaacaaacAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAg > 1:771944‑M1/47‑141 (MQ=255) cGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAg > 2:407225/1‑141 (MQ=255) gTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGattt < 2:522992/141‑1 (MQ=255) ttttGTTCAAATTATGGAAGATTAAAAGAAAACAAAAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGatttt < 2:335433/141‑1 (MQ=255) tttGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGAGAAAGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGatttta < 2:471421/141‑1 (MQ=255) gTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGattttattt > 2:9496/1‑141 (MQ=255) ttATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACtt < 1:639902/141‑1 (MQ=255) aTGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGTACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTACGATAGTGATTTTATTTTCaatttga > 1:496796/1‑136 (MQ=255) aTGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTa < 1:107213/141‑1 (MQ=255) ggAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTaaaaaaaaaa < 2:606298/141‑8 (MQ=255) ggAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATc > 1:657247/1‑141 (MQ=255) gAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATcc > 2:107301/1‑141 (MQ=255) aaGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCa < 2:756545/141‑1 (MQ=255) ctatcataaacaaacaaaacgagatgaacccattacattcattcagccacctaagataattaggtgcctttaattaatgatggtcatctcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATaa > 1:771944‑M2/96‑141 (MQ=255) aaTGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATaa > 2:22325/1‑141 (MQ=255) cataaacaaacaaaacgagatgaacccattacattcattcagccacctaagataattaggtgcctttaattaatgatggtcatctcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTaa < 2:771944‑M2/50‑1 (MQ=255) cGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCg > 2:91582/1‑141 (MQ=255) gATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGa < 2:706071/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaCGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACgg < 2:374836/141‑1 (MQ=255) AACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTTTTTGTTTTTTATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATg < 2:566586‑M1/141‑1 (MQ=255) AACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATg < 2:566545‑M1/141‑1 (MQ=255) agatgaacccattacattcattcagccacctaagataattaggtgcctttaattaatgatggtcatctcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGa > 2:17232‑M2/75‑141 (MQ=255) catTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGa > 2:59775/1‑141 (MQ=255) catTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGa < 1:91257/141‑1 (MQ=255) catTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTACCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGa < 1:577185/141‑1 (MQ=255) acattcattcagccacctaagataattaggtgcctttaattaatgatggtcatctcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACaa > 1:347141‑M2/62‑141 (MQ=255) aattaaAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAAc > 2:30159/1‑141 (MQ=255) aGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCAcg > 2:197874/1‑141 (MQ=255) gCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCAcgcg > 2:291126/1‑141 (MQ=255) cTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTaaa > 1:491685/1‑141 (MQ=255) tATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCa < 1:136312/141‑1 (MQ=255) cTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAat > 1:283304/1‑141 (MQ=255) ttAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAatg > 2:379472/1‑141 (MQ=255) aGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTAGAACGCGTTTTGCTGGTTGATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGCTGGTGAGTAATAGCGACAACGCCACACGTAAAAACCAAatgat > 2:234398/1‑141 (MQ=255) ggTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAatgatg < 2:738779/141‑1 (MQ=255) gTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAatgatga < 2:347064/141‑1 (MQ=255) ggCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAatgatgatg < 1:307749/141‑1 (MQ=255) gCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAAtgatgatga < 2:31361/141‑1 (MQ=255) aatgTAATGGGTTCATCGCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGTTAAATAGCGACAACGCCAAGCGTAAAAACGAAATGATGATGAGTTTCGAg > 2:754661/1‑141 (MQ=255) tgTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGAc < 1:226079/141‑1 (MQ=255) aaTGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAgg > 2:514794/1‑141 (MQ=255) tGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTa < 1:99736/141‑1 (MQ=255) ggggTTCATCTCGTTTCGGTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAAAATAAAAAAAAAATACGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTa < 2:417318/140‑1 (MQ=255) ggTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTAtt < 2:180826/141‑1 (MQ=255) ttCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTAtttt < 1:69663/141‑1 (MQ=255) ttCATCTCGTTTTGTATGATTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTAtttt > 2:701047/1‑141 (MQ=255) tcatctcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTa > 2:173376‑M2/13‑141 (MQ=255) catctcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTaa > 2:233210‑M2/12‑141 (MQ=255) tctcgttttGTTTGTTTCTGATAGTGATTTTATTTTCAACTGTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTAAtt < 2:393532‑M2/132‑1 (MQ=255) ctcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTAAttt < 1:22325‑M2/133‑1 (MQ=255) tcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCaaaa < 1:527498‑M2/42‑1 (MQ=255) tcgttttGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCaaaa > 2:527498‑M2/8‑49 (MQ=255) gtttgtttATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTAATTTCAGTTGCt < 2:593042/141‑1 (MQ=255) gtttgtttATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTAATTTCAGTTGCt > 2:27201/1‑141 (MQ=255) gtttgtttATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTAATTTCAGTTGCt < 1:514074/141‑1 (MQ=255) | AAAAGAAATTACGAAACGTTTTGTTCAAATTATGGAAGATTAAATGATAACGATAAAAAAACGAGATGACCATCATTAATTAAAGGCACCTAATTATCTTAGGTGGCTGAATGAATGTAATGGGTTCATCTCGTTTTGTTTGTTTATGATAGTGATTTTATTTTCAACTTTATCCAAAAATAAGTAAAGCGACGGGGATGGTGATTAATAGCGACAACGCCACGCGTAAAAACCAAATGATGATGAGTTTCCAGACAGGTATTTTAATTTCAGTTGCT > CP000730/370410‑370687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |