New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | = 1732970 | 53 (0.810) | 4 (0.070) | 4/234 | NT | 7.3% | intergenic (+156/+81) | yvbT/USA300HOU_1624 | dehydrogenase/hypothetical protein |
? | CP000730 | = 1733003 | 53 (0.900) | intergenic (+189/+48) | yvbT/USA300HOU_1624 | dehydrogenase/hypothetical protein |
CAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATTTATCTTATCTTTTACATTTTTAACTTG > CP000730/1732868‑1733137 | cAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggc < 1:10090‑M2/141‑6 (MQ=255) cAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggc < 1:325097‑M2/141‑6 (MQ=255) aGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcg > 2:353247‑M2/1‑135 (MQ=255) gTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgc < 2:499181‑M2/141‑8 (MQ=255) aaCAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGAAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTCACCAGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctt < 1:92665‑M2/141‑10 (MQ=255) aGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctttca < 1:597100‑M2/141‑13 (MQ=255) cATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCaaa > 2:168594/1‑141 (MQ=255) tgaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATAtt < 1:234780/141‑1 (MQ=255) gaatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTg > 2:443469/1‑141 (MQ=255) aatgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGa > 2:130970/1‑141 (MQ=255) atgaaAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGaa > 2:46744/1‑141 (MQ=255) gTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGTGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATc < 2:556805/141‑1 (MQ=255) ttGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAAtt > 1:718603/1‑141 (MQ=255) cAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAg > 1:180326/1‑141 (MQ=255) tCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGaaa < 1:46980/141‑1 (MQ=255) atttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAatt < 1:491379/141‑1 (MQ=255) atttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGATTACAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAatt < 2:553207/141‑1 (MQ=255) tttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAattt < 2:763637/141‑1 (MQ=255) ttatttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAattta < 1:572487/141‑1 (MQ=255) atttTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAatttatt > 2:115748/1‑141 (MQ=255) ttttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAatttattt > 1:102774/1‑141 (MQ=255) ttttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAatttattt > 1:644983/1‑141 (MQ=255) ttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTtct < 1:670428/141‑1 (MQ=255) ttAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTtct > 1:404406/1‑141 (MQ=255) aGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGa < 2:166288/128‑1 (MQ=255) aGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGa > 1:166288/1‑128 (MQ=255) gTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCtt > 2:734230/1‑141 (MQ=255) tGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTCAGCTGGTTTATTTCTCTTTATc > 1:403495/1‑141 (MQ=255) gATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCt > 2:275560/1‑141 (MQ=255) ttCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTTAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTc < 1:213558/141‑1 (MQ=255) ttCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTc < 1:302864/141‑1 (MQ=255) aaaTTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCAtt < 2:424145/141‑1 (MQ=255) tCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCt < 1:597279/141‑1 (MQ=255) tCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCt < 2:307248/141‑1 (MQ=255) cACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTCTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAATATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCtt < 2:750693/141‑1 (MQ=255) aCTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCttt < 1:782700/141‑1 (MQ=255) cTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCtttt > 1:713856/1‑141 (MQ=255) tAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCtttttt < 1:2860/141‑1 (MQ=255) aaaTTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTtct < 1:237599/141‑1 (MQ=255) ttCTAATGCAAATATGAAAGCGCCGCTTCAACTTTACAATGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATGTATTTCTCTTTATCTTGATTTTCTTTTTTCTCtt < 2:578741/141‑1 (MQ=255) aTGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAACTCTTGCAAAGCATATCCAAACTTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTa < 1:115748/141‑1 (MQ=255) aTGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTa > 2:158374/1‑141 (MQ=255) aaaTATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCg > 2:298979/1‑141 (MQ=255) atGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAAGTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATcc > 1:55525/1‑141 (MQ=255) gAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTg < 1:262763/141‑1 (MQ=255) aaTCGCCTCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaataaatgattgaacaataaagacatctttcattcaaaatgctgtt > 2:92665‑M2/1‑42 (MQ=255) aaGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGtt > 2:562722/1‑140 (MQ=255) cgcCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTatat < 2:174841/141‑1 (MQ=255) cgcCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTatat > 2:36950/1‑141 (MQ=255) cccTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCa < 2:317270/141‑1 (MQ=255) ccTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaataaatgattgaacaataaagacatctttcattcaaaatgctgttactgtat < 1:178922‑M2/141‑107 (MQ=255) ccTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCAt > 2:320005/1‑141 (MQ=255) cTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCAtt < 2:573990/141‑1 (MQ=255) tCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATtta < 2:180326/141‑1 (MQ=255) aCTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaataaaagattgaacaataaagacatctttcattcaaaatgctgttactgtatattttt < 1:312863‑M2/141‑113 (MQ=255) aCTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATttatct < 1:297626/141‑1 (MQ=255) tttACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATggggcgctttcatatttgcattagaattttaagtgaatttgaatcattactaaaataaatgattgaacaataaagacatctttcattcaaaatgctgttactgtatatttttat < 1:776888‑M2/141‑115 (MQ=255) ttACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATttatcttat > 1:277499/1‑141 (MQ=255) tgtgTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATCTCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTATCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATTTATCTTATCTTTTa > 1:751868/1‑141 (MQ=255) tgtgTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATTTATCTTATCTTTTa < 1:574175/141‑1 (MQ=255) gcgtTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAAATTATTTCTCTTAATCTTCATCTTCTTTTTTCTCTCCGTTATTCGATCCTGTACAATCATTGTTCTTATCTTTTACAttttt > 2:784623/3‑141 (MQ=255) gtTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATTTATCTTATCTTTTACATTTTTaa < 2:722955/141‑1 (MQ=255) tATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCTTTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATTTATCTTATCTTTTACATTTTTAACtt < 2:718603/141‑1 (MQ=255) aTTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATTTATCTTATCTTTTACATTTTTAACTTg < 1:145236/141‑1 (MQ=255) | CAGTAACAGCATTTTGAATGAAAGATGTCTTTATTGTTCAATCATTTATTTTAGTAATGATTCAAATTCACTTAAAATTCTAATGCAAATATGAAAGCGCCCCTTCAACTTTACACTGTGTAAGTGTTTATTTGATGGGGCGCTTTCAAAATATTGAAAAGCATATCCAAAATTTAAAGAAATTTATTTCTCTTTATCTTCATTTTCTTTTTTCTCTTCGTTATTCGATCCTGTATATTCATTTATCTTATCTTTTACATTTTTAACTTG > CP000730/1732868‑1733137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |