New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP000730 | = 2640193 | 142 (1.240) | 3 (0.030) | 3/250 | 9.5 | 2.4% | intergenic (‑45/+109) | gntR/USA300HOU_2495 | gluconate operon transcriptional repressor/MerR family transcriptional regulator |
? | CP000730 | = 2640171 | 124 (1.280) | intergenic (‑23/+131) | gntR/USA300HOU_2495 | gluconate operon transcriptional repressor/MerR family transcriptional regulator | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TTCAGCTATGTGACCATTCACAATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACAAGTATGTTAATATAGTTATTATGAGTTTGCAAGCGCTTTCTTTAC‑GAGCACTAAAATAGTGACCACCCCTTTTCGATTTAAATTTAAAGGAAATGGTCACTATCACACGAATGATTTAATTGTTATGTTGTATGTGGGATATTTCTAATTGTT > CP000730/2640047‑2640339 | tCAGCTATGTGCCCATTCACAATGGCTACGCGTAATTCTGCCGCGATAGCCTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATAGCCATACATCATCAAAGGCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACAAGTATGTTa < 2:1077970/148‑1 (MQ=255) tCAGCTATGTGACCATTCACAATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACAAGTATGTTa < 2:1221061/148‑1 (MQ=255) tATGTGACTATTCACAATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACAAGTCTGTTAAtata > 1:459436/1‑148 (MQ=255) aTGTGACCATTCACAATGCCTAAGCGTAATTCTAAAGCTATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGGCATCCTTCTATACAAGTATATTAATATAg > 1:297639/1‑148 (MQ=255) gACCATTCACAATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCCTTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACAAGTATGTTAATATAGttat > 2:570670/1‑148 (MQ=255) ccATTCACAATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTTTACCAGTATGTTAATATAGttattt > 2:1129397/1‑147 (MQ=255) tCACAATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACAAGTATGTTAATATAGTTATTATGAg > 2:1080011/1‑148 (MQ=255) ccaATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACACGTATGTTAATATAGTTATTATGAGtt < 1:663464/147‑1 (MQ=255) caATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACAAGTATGTTAATATAGTTATTATGAGttt > 2:485187/1‑148 (MQ=255) 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gTTAATATAGTTATTATGAGTTTGCAAGCGCTTTCTTTAC‑GAGCACTAAAATAGTGACCACCCCTTTTCGATTTAAATTTAAAGGAAATGGTCACTATCACACGAATGATTTAATTGTTATGTTGTATGTGGGATATTTCTAATTGtt < 2:1215507/148‑1 (MQ=255) | TTCAGCTATGTGACCATTCACAATGCCTAAGCGTAATTCTGCCGCGATACCTTCTCCAGTTGTCATACCTTCCAACCATTTCTCTGGATATCCATACATCATCAAAGTCACTCCTTCATTACACGACATACTTGTATACAAGTATGTTAATATAGTTATTATGAGTTTGCAAGCGCTTTCTTTAC‑GAGCACTAAAATAGTGACCACCCCTTTTCGATTTAAATTTAAAGGAAATGGTCACTATCACACGAATGATTTAATTGTTATGTTGTATGTGGGATATTTCTAATTGTT > CP000730/2640047‑2640339 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |