| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2068406 | 310 (1.160) | 10 (0.040) | 10/514 | 30.5 | 3.3% | pseudogene (14/159 nt) | yoeH | pseudogene, CP4‑44 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | = 2068411 | 296 (1.190) | pseudogene (9/159 nt) | yoeH | pseudogene, CP4‑44 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GACCCTGATTCCTCTTGCAGACTTTATAGACCAATTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCAGAGGAAACGACGGATATGTTCAGTCGTAAAATATCTATCAAAAAACATGATTAAGGTCAAAAATGTTTGATATTTACAATTTATGAAGATGACAATAATTATAGATATATGAGAACATAAATGAAAATAATTATCATTACAGTAATCATTTGTACTTTGTATTAATGAGGGATGAAATGTTATATAATATACCTTGTCGAATTTATATCCTTTCCACTCTGTCATTATGCATTTCTGGGATAGTT > NC_000913/2068106‑2068703 | gACCCTGATTCCTCTTGCAGACTTTATAGACCAATTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAACAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCtt > 2:1054577/1‑301 (MQ=255) cccTGATTCCTCTTTCAGACTTTATACACCAATTAAAATGCAGTTGCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTCCTGCACTCCTCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGATCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGCAGTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTa < 1:412328/300‑1 (MQ=255) aTTCCTCTTGCAAATTTTATAGACCAATTAAATTGCAGTTTCTGCAAGACAACGTCTGACCCTCATTGTCATTACTCTGGCCATTAGCGTAACCTTCAGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCaa < 2:1903517/301‑1 (MQ=255) cccctctttcgatctgACTAATTAACATGCAGTTTCTGCATGTCAACGTCTATCCATCATTGTCATCACTCTGGCCACTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGc < 2:386954/286‑1 (MQ=255) ttcAGACTGTATAGACCAATTAAAATTCAGTTTCTGCAGGTCAACTTCTGACCATCATTGTCATCGCTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCCATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCttgacataagagtgcg < 1:895653/298‑15 (MQ=255) gCAGACTTTATAGACCAATTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCgg < 1:775023/300‑1 (MQ=255) tataAACCAATTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAATAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGa < 2:918259/300‑1 (MQ=255) gACCAATTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCCACTCCTTTTTCCACGGACCCCACTCTTATGTCACGAGTGc > 1:387046/1‑286 (MQ=255) aaTTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTACACGGACCGCACTCTTCTTTCAAGAGTGCTGTCCGTGGCTACAAcccc > 2:1789287/1‑299 (MQ=255) aTTAAAATGCAGTATCTGCAGGTCAACGACTGACCATCATTGTCAACACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTTATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAGTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACCCCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTa < 1:1868257/269‑1 (MQ=255) aaaaTGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTTCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGAAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGAc < 1:601540/301‑1 (MQ=255) cAGTTTCTTTAGGTTAACGTCTGACCATAATTGTCATCACTCTTGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTg < 2:50761/301‑1 (MQ=255) aaGTTTCTGCATGTCAACGTCTGACCATCATATTCATCACTCTGGCCATTAGAATAACCTTCGGCAGTCATCCTTATGTAAAAAGTTTATATTAGGATCAGCAATTAACAGGACCTGATACAGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTAAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAATGCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTg < 1:1388210/300‑1 (MQ=255) 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tCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCCCTCTTATGTCAAGAGTGCGGCCCGTGGATACAACCATAGCCCGattaccaagagtaag > 1:148597/1‑285 (MQ=255) tCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGATTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGAAACGAgaaag > 2:1113189/1‑295 (MQ=255) caactgcttaCCATCATTTTCATCACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCATTTGTAAAAAGTTTATATTAATATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCagag < 1:1513878/291‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |