| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2068406 | 310 (1.160) | 10 (0.040) | 10/514 | 30.5 | 3.3% | pseudogene (14/159 nt) | yoeH | pseudogene, CP4‑44 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | = 2068411 | 296 (1.190) | pseudogene (9/159 nt) | yoeH | pseudogene, CP4‑44 putative prophage remnant;Phage or Prophage Related | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
GATTCCTCTTGCAGACTTTATAGACCAATTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCAGAGGAAACGACGGATATGTTCAGTCGTAAAATATCTATCAAAAAACATGATTAAGGTCAAAAATGTTTGATATTTACAATTTATGAAGATGACAATAATTATAGATATATGAGAACATAAATGAAAATAATTATCATTACAGTAATCATTTGTACTTTGTATTAATGAGGGATGAAATGTTATATAATATACCTTGTCGAATTTATATCCTTTCCACTCTGTCATTATGCATTTCTGGGATAGTTTCTACTGC > NC_000913/2068112‑2068711 | aTTCCTCTTGCAAATTTTATAGACCAATTAAATTGCAGTTTCTGCAAGACAACGTCTGACCCTCATTGTCATTACTCTG‑GCCATTAGCGTAACCTTCAGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCaa < 2:1903517/301‑1 (MQ=255) aGACTTTAATGACCAAATAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTAATCACTCTG‑GACATTAGAGTAAGCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTcc < 1:1253854/301‑1 (MQ=255) tataAACCAATTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAATAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGa < 2:918259/300‑1 (MQ=255) gACCAATTAAAATGCAGTTTCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCCACTCCTTTTTCCACGGACCCCACTCTTATGTCACGAGTGc > 1:387046/1‑286 (MQ=255) aaGTTTCTGCATGTCAACGTCTGACCATCATATTCATCACTCTG‑GCCATTAGAATAACCTTCGGCAGTCATCCTTATGTAAAAAGTTTATATTAGGATCAGCAATTAACAGGACCTGATAC‑AGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTAAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAATGCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTg < 1:1388210/300‑1 (MQ=255) tCTGCAGGTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGACACCGCCTGacac > 1:2165139/1‑300 (MQ=255) accttcacgacgccgttccgatctGTCATCAATCTG‑GCCATTCTAGTAACCTTCTGCATTCATTCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGAATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAg < 2:2508251/277‑1 (MQ=255) ggTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTTCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGCCTGACACGAGTCa > 1:355558/1‑300 (MQ=255) ggTCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTc > 1:1741839/1‑299 (MQ=255) ggTCAACCTCTTACCCTTATTGTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCag < 2:355466/301‑1 (MQ=255) gTCAACTGCTGACCATCATTATCACCATTCTGCGCCGTT‑GAGTAAGCTTCTCCATTAATCCTTTTGTATGAAGTTTATATTAGTATCATCAAGTAACCGTGCCTGTTAC‑TGCTATGACTCTTACCGCATGTACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCGCGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATAGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCaga < 2:1518609/301‑1 (MQ=255) tCAACGTCTGACCATCATTGTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCCCTCTTATGTCAAGAGTGCGGCCCGTGGATACAACCATAGCCCGattaccaagagtaag > 1:148597/1‑285 (MQ=255) caactgcttaCCATCATTTTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCATTTGTAAAAAGTTTATATTAATATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCagag < 1:1513878/291‑1 (MQ=255) catTTTCATCACTCTT‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTACAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCAGAGGAAACGACGGATATg < 1:1311955/301‑1 (MQ=255) gtaatcaCTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCAGAGGAAACGACGGATATGTTc < 1:1113521/297‑1 (MQ=255) gTCATCACTCTG‑GCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCAAGGACCGCACTCTTATGTAAAGATTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAgagatcggaagcacccacgcatgaac > 1:2508987/1‑276 (MQ=255) caCTCTT‑GACATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCCGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCCCGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAAc < 1:2089361/251‑1 (MQ=255) g‑gCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGTGGATACAACCAGAGACCGACTGACACGAGTCcga > 1:901015/1‑270 (MQ=255) ccATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATAC‑TGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCATTTTTTCAACTCCGTTTTCCACGGACCGCACTCTTATGTCAAGAGTGCGGTCCGt > 1:2111911/1‑234 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |