| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3667761 | 183 (1.390) | 5 (0.040) | 5/560 | 17.1 | 2.8% | intergenic (‑181/+30) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase |
| ? | NC_000913 | = 3667775 | 169 (1.320) | intergenic (‑195/+16) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TCATCGCGCATTTCGTGCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAGCATCAGTTTCACCGCCCCGTCCAGCGTCGGCACGTCACCGCGATGGAAGTACGGTGCCGTTAAAGCAACGTTACGTAAACCGGGTACTTTCTGACGCAATTTATCACGCTCTTCTTTAGTCACATTCATACGACCAATATCCGCCGCCGTAATTTCCCC > NC_000913/3667462‑3668060 | tcatcGCGCATTTCGTGCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAAAATTTAACTTGATAATATTAAAAACATACTTTATAATGTTACTAAACATAGccc > 2:391684/1‑300 (MQ=255) gcgcATTTCGTGCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAAAATTTAACATGATAATATTAAAAAAAGACATTATTAACATAATAAAAATCACCAAAACa > 1:607526/1‑300 (MQ=255) ttaatgccttaaagaatgaaaaagaaaatggcgATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGc < 1:561950/270‑1 (MQ=255) aTTTCGTGCAGCGGAAATCTGTTTGACTCCGGGATAGTAGAAAGGGCCTGTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCTGAAATTCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCGTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTA‑TATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTg < 2:981307/301‑1 (MQ=255) aTTTCGTGCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATTGCCTTTTCGCCAAAACGTGAATCTAGTAGTTCTGAGCTGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGc < 1:770104/300‑1 (MQ=255) aTTTCGTGCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAAACTTAATTATTGTAAAAAAAATCACCCAAACAtatc > 1:627343/1‑297 (MQ=255) aGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCg < 2:829342/301‑1 (MQ=255) 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tGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTac > 2:83108/1‑301 (MQ=255) aaaaCGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAAAATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGCACAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCg > 2:524876/1‑301 (MQ=255) tGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTc > 2:647797/1‑298 (MQ=255) 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aaTCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTCATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGAGATCAAATTCATTATTGTTTATACTGCATATACGACGTGTACACCCCGTTCAGACTATGCATGAAACCTACTATatc > 2:674965/1‑301 (MQ=255) aaTCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACAACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAAGATTAAAAACAGACTATATTATCGTAATAAAATTCACCAAAACAATGCTGTTCGGGCGATCAAATCAATTATTGTTTATCCTGAATATACGACGTATACACCCCGTTCATCATGTGCAGGATAGCTACGat > 2:1143879/1‑298 (MQ=255) aTCCATTAAAAGCTTCTGGTCCAATTCGAACTCCTTAAATTTAATTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCAATACAGGCTTAATTTAAAGAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAACCATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATatca < 2:1014786/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |