| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3667761 | 183 (1.390) | 5 (0.040) | 5/560 | 17.1 | 2.8% | intergenic (‑181/+30) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase |
| ? | NC_000913 | = 3667775 | 169 (1.320) | intergenic (‑195/+16) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TGCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAGCATCAGTTTCACCGCCCCGTCCAGCGTCGGCACGTCACCGCGATGGAAGTACGGTGCCGTTAAAGCAACGTTACGTAAACCGGGTACTTTCTGACGCAATTTATCACGCTCTTCTTTAGTCACATTCATACGACCAATATCCGCCGCCGTAATTTCCCCAAAGTTAA > NC_000913/3667477‑3668068 | tGCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGAATTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATATTAATAAAAATAGCCAAAACATTTATGTTCgt > 2:503560/1‑300 (MQ=255) aGCGGAAATCCTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGCGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAGCAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTGAAATTTATGTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGAAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCg < 2:845621/301‑1 (MQ=255) gCGTAAATCGTTTTGACGCCGCGATAGTAAAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTTAATCTAGTAGTTCTGATCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAAATTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGa < 1:547854/301‑1 (MQ=255) ggtgaaTGGTTTTTACTCTGCGAGTGTAGAACTAGCCTATTCGACAAAACGTGAATCGATGAGTTCAGCGCGGAATTCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACACATTAAATATATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTCATCCGCAATGGAAGCACGGCATTACAGGATTAATATAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAAGATAAACATTTAACATGATATTATTAAAAACATACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACCTTGCTGTTCGGGCGAt < 2:263441/297‑1 (MQ=255) ggAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTATGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATc < 2:706633/301‑1 (MQ=255) aaTCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGTCATTACAGGCTTAATTGAAATAACAAAATCCTAAACAGAAAAACGACTTTTTATACTATAAACATTTAACATTAAAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCAACCAAAAATCTCTTTTCGGGCgttaaa > 2:408756/1‑295 (MQ=255) aaTCATTTTGCCTCCGCGATAGTTGAAATGGCCTTTACGACAAAACGTGAATCTAGTAGTTCTGAGCGGACATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCaaa < 1:24913/301‑1 (MQ=255) 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gACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAattat < 2:343911/300‑1 (MQ=255) aTAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTTTTTATCCt > 2:97826/1‑301 (MQ=255) agAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCata < 2:627512/301‑1 (MQ=255) 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atagAGTAGTTCTGAGCGAAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACtg < 1:83091/298‑1 (MQ=255) cGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATAGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTTTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCTTTCAGACtttg > 2:183575/1‑301 (MQ=255) gAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGTGc > 2:274317/1‑241 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |