| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 2753986 | 180 (1.100) | intergenic (+40/+22) | bamE/ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein | |||||
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| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TCCTGACATCAACCAGGGGAACTATCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTG‑TTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAATGCCGACTTTGTTTTTAGTTAAATCGATATCGGTACGCAATTCCAGCAAGCCACTGGCGCGAATAGCTTCTTCAACCGTCGCGCCCTCCTGCAGCGTCACTCGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGC > NC_000913/2753691‑2754283 | aaaCCAGGGGAACTATCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTTGCATGACGCAACAAAAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCtttttt < 2:1201789/300‑1 (MQ=255) 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aacgTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGAGCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTG‑TTATTTATTCGCTGATTTTTc < 1:572339/300‑1 (MQ=255) acgTATCCAAAATACGTTTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTTCTGTCTG‑TTATTTATTCGCTGATTTTTc < 1:692458/300‑1 (MQ=255) acgTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGTCCAATATTGATACCAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTTAAATACATTAAAAAAGATGTTCATTGAGCACCTTTTTTTTGTTTG‑TTATCTATGCGTGGATTTTTCt > 2:692284/1‑301 (MQ=255) 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ttAAAAAAGGTGCTGAATGGGCCACTTTTTTCTGTCTG‑TTATTTATTCGCTGATTTGTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAATGCCGACTTTGTTTTTAGTTAAATCGATATCGGTACGCAATTCCAGCAAGCCACTGGCGCGAATAGCTTCTTCAACCGTCGCGCCCTCCTGCAGCGTCACTCGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCAt < 2:296697/298‑1 (MQ=255) tGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTG‑TTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAATGCCGACTTTGTTTTTAGTTAAATCGATATCGGTACGCAATTCCAGCAAGCCACTGGCGCGAATAGCTTCTTCAACCGTCGCGCCCCCCTGCAGCGTCACTCGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAAc > 1:883210/1‑301 (MQ=255) tCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTG‑TTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAATGCCGACTTTGTTTTTAGTTAAATCGATATCGGTACGCAATTCCAGCAAGCCACTGGCGCGAATAGCTTCTTCAACCGTCGCGCCCTCCTGCAGCGTCACTCGCTGCAGGTACTGCTTCCCAGTGAGCGCATAAGCCACCTCAACGGc > 1:1202455/1‑301 (MQ=255) | TCCTGACATCAACCAGGGGAACTATCTGACCGCTAACGACGTATCCAAAATACGTGTTGGCATGACGCAACAACAAGTTGCGTACGCATTGGGTACACCGCTGATGTCCGATCCATTTGGTACGAATACCTGGTTCTATGTCTTCCGCCAGCAACCAGGTCATGAAGGTGTAACTCAGCAAACGCTGACGCTGACCTTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTTCTGTCTG‑TTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCACCCGATCGCCATCATGCACACTATCGCTTAGTTTTGCCGGACGGCTGTAAATGCCGACTTTGTTTTTAGTTAAATCGATATCGGTACGCAATTCCAGCAAGCCACTGGCGCGAATAGCTTCTTCAACCGTCGCGCCCTCCTGCAGCGTCACTCGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGC > NC_000913/2753691‑2754283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |