New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | 3217501 = | 152 (1.020) | noncoding (68/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
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Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
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atggaagtgattgtggcacaggtgacaaacgtcacccatttgattgcccagattagccattcaacgcgggaacaggccgctgggctttccagcctgacccgtgcagtggatgagcttaacctgatcacccagaaaaatgccgagctgggggaagagagtgcgcaggtgtcggcgatggtgaaacaccgcgccagccgactggaagacgcggtgacggtactgcattaatcggtatgccggatccggcggttggagcacaatgcctgatgcgatgctggcgcatCTTATCCGGCCTACAcc > 1:319940‑M1/284‑300 (MQ=255) gaagatattgtggcacaggtgaaaaacgtcacccagttgatcgcccagattagccattcaacgctggaacaggccgatgggctttccagcctgacccgtgccgtggctgagcttaccctgatcacccagaaaaatgccgagctggtggaagagcgtgcgcatgtgtcggcgatggtgacacaccgcgccagccgactggaagacgcggtgacggtactgcattaatcggtctgccggatccggcggttggcgcacactgcctgatgcgatgctggcccatcttatccgcactgcttggttt < 2:1091095‑M1/21‑14 (MQ=255) ggCTGGAAGAAAACCGCGAACAGGTGGAGATGATTGAAGAACGCATCAAAGCGCGTTGCGTTGGCGCGGCGCTGCGCCAGAACCCGCAAATGAAGCGGGCGCTGGATAATTTTAAAGCGGTGCTGGATTTACGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCAC‑AAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTTCCGGATGCGACGCTTGACCACCCTTACCCGGCCTCCAcccccca > 1:919449/1‑296 (MQ=255) 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gcgcCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCAACGCGTCTTCCAGTCGGCTTGCGCAGTGTTTCACCATCGCCGACAACTGCCCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCCGTTTTATGGGTGCTCAGGTTTTGCTTATCCACTGCACGGGTCACGCTGGAAACCCCCTCGGCCTTTTcc > 1:1514869/1‑263 (MQ=255) | CCGAACAAGGCGCGCAGTGGCTGGAAGAAAACCGCGAACAGGTGGAGATGATTGAAGAACGCATCAAAGCGCGTTGCGTTGGCGCGGCGCTGCGCCAGAACCCGCAAATGAAGCGGGCGCTGGATAATTTTAAAGCGGTGCTGGATTTACGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCAC‑AAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGTCAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTAATCTGGGCGATCAACTGGGT > NC_000913/3217161‑3217750 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |