New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | 3217501 = | 152 (1.020) | noncoding (68/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
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agATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGT‑CAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGCTCCCGCGTTGAATGGCTAATCTGGGCG‑ATCAACTGGGCGACGTTTTTCACCTGTGCCACACTAGCTTCCATCGCCCGTCCGgcggcg > 1:778428‑M2/3‑301 (MQ=255) | ATGATTGAAGAACGCATCAAAGCGCGTTGCGTTGGCGCGGCGCTGCGCCAGAACCCGCAAATGAAGCGGGCGCTGGATAATTTTAAAGCGGTGCTGGATTTACGCGTCAACCAGAGCGATATCAGTGATGCAC‑AAATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCCACCAGCTCGGCATTTTTCTGGGTGATCAGGTTAAGCTCATCCACTGCACGGGT‑CAGGCTGGAAAGCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTAATCTGGGCG‑ATCAACTGGGTGACGTTTTTCACCTGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTCCGGCGGCG > NC_000913/3217208‑3217799 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |