| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2192485 | 190 (1.080) | 3 (0.020) | 3/526 | 26.8 | 1.8% | intergenic (‑263/+30) | yehD/yehE | putative fimbrial‑like adhesin protein/DUF2574 family protein |
| ? | NC_000913 | = 2192449 | 159 (1.030) | intergenic (‑227/+66) | yehD/yehE | putative fimbrial‑like adhesin protein/DUF2574 family protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
TCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2192152‑2192485‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagccgaaatcatttatataaatgatttcggctttTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGCAATGGTTAATTTGTTTTAAATCAATAAAACAATGTGTTTACATTGCGGCAACTTTTTTGATGTGAGAAATTTGTTTCCAAGAGATACAGACTCTTAACAACCAAAAATAAATTTTATTAAGGAACATATTATGAAACGTTCAATTATTGCTGCCGCTGTCTTTTCTTCTTTTTTTATGAGCGCTGGAGTATTTGCTGCAGA < NC_000913/2192449‑2192152 TCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAA < 2:571001/301‑1TCTGCAACAAATACTCCAACGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAA < 1:1596814/300‑1 CTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAG < 1:529040/301‑1 TGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAG > 2:395640/1‑300 CAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCG < 2:710573/298‑1 ATACTCCAGCGCTCATAAAAAGAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCA > 1:1569938/1‑301 CTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCAgat > 2:750540/1‑298 TCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTTCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATTTCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTA > 1:1458513/1‑301 CGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATA < 1:92633/298‑1 aCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTGGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTGGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATGTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATG < 1:86459/300‑1 TCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATG > 2:271711/1‑301 TCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTAGATcggaa > 2:90868/1‑296 CATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGA > 1:1405822/1‑301 ATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAgatcggaagagcacacgt > 2:318733/1‑283 TAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATT > 1:589770/1‑301 AAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTACATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGG < 1:276627/301‑1 AAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATCTTCCTTAATAACATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGCCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATCGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTATATTTTTGTAACTGGTATTGTTGATATCAATAAATATGCCGAAATCATGTCTATAAgttcttgcgt > 1:996443/1‑289 TGTAACTCTTAGAAAAAAATTTCTCACAACAAAAAAATTGCCGAAATGTAAACACAATGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGAAAAATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATT < 1:1329558/301‑1 CACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTTATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGTAATGGTT > 2:1070717/1‑301 AAAAGTTTCCCCAATTTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCAATGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGCAATGGTTAATTTGTT < 1:1069480/301‑1 tgtgctcttccgatctCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGCAATGGTTAATTTGTTTTAAATCAATAAAACAATGTGTTTACATTGCGGCAACTTTTTTGATGTGAGAGATTTGTTTCCAAGAGATACAGACTCTTAACAACCAAAAATAAATTTTATTAAGGAACATATTATGAAACGTTCAATTATTGCTGCCGC < 2:709971/284‑1 AAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGCAATGGTTAATTTGTTTTAAATCAATAAAACAATGTGTTTACATTGCGGCAACTTTTTTGATGTGAGAAATTTGTTTCCAAGAGATACAGACTCTTAACAACCAAAAATAAATTTTATTAAGGAACATATTATGAAACGTTCAATTATTGCTGCCGCTGTCTTTTCT < 1:544585/299‑1 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CGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGCAATGGTTAATTTGTTTTAAATCAATAAAACAATGTGTTTACATTGCGGCAACTTTTTTGATGTGAGAGATTTGTTTCCAAGAGATACAGACTCTTAACAACCAAAAATAAATTTTATTAAGGAACATATTATGAAACGTTCAATTATTGCTGCCGCagatcggaagagcgtcg > 1:709162/1‑284 AAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGCAATGGTTAATTTGTTTTAAATCAATAAAACAATGTGTTTACATTGCGGCAACTTTTTTGATGTGAGAAATTTGTTTCCAAGAGATACAGACTCTTAACAACCAAAAATAAATTTTATTAAGGAACATATTATGAAACGTTCAATTATTGCTGCCGCTGTCTTTTCTTCTTTTTTT > 2:1505920/1‑301 AAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGCAATGGTTAATTTGTTTTAAATCAATAAAACAATGTGTTTACATTGCGGCAACTTTTTTGATGTGAGAAATTTGTTTCCAAGAGATACAGACTCTTAACAACCAAAAATAAATTTTATTAAGGAACATATTATGAAACGTTCAATTATTGCTGCCGCTGTCTTTTCTTCTTTTTTT < 1:155071/301‑1 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NC_000913/2192152‑2192485‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagccgaaatcatttatataaatgatttcggctttTTTATTGATATCAACAATACCATTTACATAAATCTACATTAATTGATAGATGCGATAAATAGTTAATACTCTTAAATATTTTTTGTATTTATATTGCAATGGTTAATTTGTTTTAAATCAATAAAACAATGTGTTTACATTGCGGCAACTTTTTTGATGTGAGAAATTTGTTTCCAAGAGATACAGACTCTTAACAACCAAAAATAAATTTTATTAAGGAACATATTATGAAACGTTCAATTATTGCTGCCGCTGTCTTTTCTTCTTTTTTTATGAGCGCTGGAGTATTTGCTGCAGA < NC_000913/2192449‑2192152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |