| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1572380 | 68 (1.140) | 4 (0.070) | 4/558 | 8.2 | 5.7% | intergenic (‑335/+27) | gadB/pqqL | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent/putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase |
| ? | NC_000913 | = 1572395 | 65 (1.110) | intergenic (‑350/+12) | gadB/pqqL | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent/putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
CAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTATTTTGGCAATAATACTCCGGTATAAGTATTTACCGGATGAGAAAGATATTGTTTAACGGCAGTGTTAACATTCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCGCTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTAGCCAGACGCTTAACCATCACTTCATTCGCT > NC_000913/1572106‑1572689 | cAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGtt > 1:7959/1‑300 (MQ=255) gCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTattatt > 4:7236/1‑301 (MQ=255) aaGGGCTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTAttt < 3:64607/299‑1 (MQ=255) aaGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTAttt > 1:64609/1‑299 (MQ=255) ggACTCGTGGTGCGATAACCAGATACTTATGTTATGTAACGTTAGAGATTAAGTGAATAATATTGTTGCATTGAGAAACAATACTATATGAAGGTCTTAGGTGGTTGTAAGGTGTTTTATGCTATTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATAACGTAAAAATCACACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGCTTATTATATTGAACGCATTGATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTATTTTGGc < 3:344054/301‑1 (MQ=255) gACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTATTTTGGCa < 1:274011/301‑1 (MQ=255) aCTCGTGTTTAAATAACAAAATACTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTATTTTGGCa < 2:175668/300‑1 (MQ=255) aTAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACggg > 1:303034/1‑270 (MQ=255) aTAACAAAATCCTAATGTTAGTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACggg < 3:303025/270‑1 (MQ=255) tAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTATTTTGGCAATAATACTCCGGtt > 2:87762/1‑300 (MQ=255) 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aatTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTATTTTGGCAATAATACTCCGGTATAAGTATTTACCGGATGAGAAAGATATTGtt < 3:78196/300‑1 (MQ=255) ttttCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTATTTTGGCAATAATACTCCGGTATAAGTATTTACCGGATGAGAAAGATATTGTTTAACGGCAGTGTTAACAt > 4:91289/1‑301 (MQ=255) tGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAAATCAGACCTTAAAATATCACTATTAGTACTTGATTATTATTTTGAACGCATTTATAAAATTATTACATAAAAATAGCGAATATTGCTAAAATCCCCGCCAACGATGTGTTGACGGGGCTGTTATTATTTTGGCAATAATACTCCGGTATAAGTATTTACCGGATGAGAAAGATATTGTTTAACGGCAGTGTTAACATTCTCTAc < 4:10570/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |