| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3667761 | 90 (1.280) | 6 (0.090) | 6/546 | 8.9 | 6.6% | intergenic (‑181/+30) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase |
| ? | NC_000913 | = 3667775 | 82 (1.200) | intergenic (‑195/+16) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
GCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAGCATCAGTTTCACCGCCCCGTCCAGCGTCGGCACGTCACCGCGATGGAAGTACGGTGCCGTTAAAGCAACGTTACGTAAACCGGGTACTTTCTGACGCAATTTATCACGCTCTTCTTTAGTCACATTCATACGACCAATATCCGCCGCCGTAATTTCCCCAAAG > NC_000913/3667478‑3668064 | gCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCggg > 3:155856/1‑301 (MQ=255)gCAGCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCggg > 2:149142/1‑301 (MQ=255) gCGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGa > 1:181215/1‑301 (MQ=255) gggAAATCGTTTTGAATCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAAT‑AAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATc < 3:231423/300‑1 (MQ=255) cGGAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGAt > 2:40138/1‑301 (MQ=255) ggAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATc < 4:20285/301‑1 (MQ=255) ggAAATCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATc > 4:269359/1‑301 (MQ=255) ggAAATCGTTTTGACTCCGCAATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCAGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATGTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGAAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATc < 3:219091/301‑1 (MQ=255) aaTCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCaa > 4:207426/1‑300 (MQ=255) aTCGTTTTGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAaat > 4:56483/1‑301 (MQ=255) tttGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAaattaatt < 1:115225/301‑1 (MQ=255) tttGACTCCGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCAGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAATCAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAaattaat < 3:154475/300‑1 (MQ=255) ccGCGATAGTAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGttt > 4:276276/1‑301 (MQ=255) 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ccTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCgt > 4:278195/1‑301 (MQ=255) caacttccctacacgacgctcttccgatCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATCTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCgtgt < 2:447/274‑1 (MQ=255) ttGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTa < 1:149322/301‑1 (MQ=255) tGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTac < 2:180981/301‑1 (MQ=255) ggcggCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTGGTGGTCGATTTGGAACTCCTTAAGTTTAGTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATGTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATAGAAACATTTAACATGGTAATATTAAAAACAGACTGTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTac < 3:90321/300‑1 (MQ=255) ccAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACAccc < 3:41873/301‑1 (MQ=255) 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gAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGa > 1:25694/1‑300 (MQ=255) gAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGAc < 4:421707/301‑1 (MQ=255) gAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATCTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTagatcggaagagcacacgtctgaactccag > 1:447/1‑272 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |