| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 165253 = | 1224 (0.370) | 1512 (0.520) | 190/218 | 6.9 | 61.4% | intergenic (+217/‑325) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| ? | CP016816 | = 165249 | 834 (0.290) | intergenic (+213/‑329) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1998 total aligned reads displayed.
ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/165395‑165253‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTCTTTTAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < CP016816/165249‑165123 ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACATAAAATTTATATTTCCATTAT‑A > 1:2678394/1‑128 TTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AA > 2:897752/1‑128 TTTATGTTTTTTTTAATTTTTAATTAAAATTAAAAAATTTTAGTAATACTTTTAAAAATATTTTTTACTTTCTATTTTTTTTTAAAATTATACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAA < 1:7148590/128‑1 TTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTTACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATAACTAAAATTTATATTTCAATTAT‑AAAAAAAAAAA > 2:331122/1‑128 TATTTAATTTTTAATTAACATTTAATAATTTTATTATTAATTTTAAAAATATTTTTTACTTTCTATTTTTTTAGATAATTAGACAACAAAAAACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAA < 2:2408805/128‑1 TATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTATATACTTATACAACAAAATACATAAAATTTATATTTCAATTAT‑AAAAAAAAAAAA > 1:5308670/1‑128 ATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAA > 2:3527554/1‑128 ATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATAAATAAAATTTATATTTCAATTAT‑AAAAAAAAAAAAA > 2:4911277/1‑128 ttaaatTTTTAATTAACAATAAATAATTTAATTATTAATTTTAAAAAAATTTTTTACTTTCTATTTTTTTATATAATTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAA < 2:5375139/122‑1 TTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAA > 2:3867623/1‑128 TTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCAATTAT‑AAAAAAAAAAAAAA > 2:3414710/1‑128 TTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAA > 1:1319226/1‑128 TAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACATAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAA > 1:4658677/1‑128 TTTAATTAAAATTAAATAATTTTATTATTAATTTTAAAAATATTTTTTCCTTTATATTTTTTTATATAATTATACAAAAAAATAACTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGCTAT < 1:3472865/128‑1 ATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAgatatttata > 2:2673193/1‑118 AACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACATAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTTTTTAC > 2:2015867/1‑128 ACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTAaa > 2:2855281/1‑126 CATTAAATAATTTTTGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTATAAACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAG < 2:5792566/128‑1 ATTAAATAATTTTATTATTAATTTTAAAAATATTTTTTCCTTTCTTTTTTTTTATATACTTAGACAAAAAAATACCTAAAATTTATTTTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAG < 1:3942392/128‑1 TTAAAAAATTTTAGTATTAATTTTAAAAAAATTTTTTACTTTATATTTTTTTATATAATTATACAAAAAAATACCTAAAATTTATATTTACATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGT < 1:174435/128‑1 AAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAGATATTTTTTAAAAtat > 1:2123324/1‑125 AAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑CTATTTTTTACAATTTaa > 2:6789737/1‑126 AAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑ATATTTTTaaaaatttaa > 1:4771158/1‑118 AAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCATTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAAAAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAATATTTTTTAAAAaata > 2:1452186/1‑124 AATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTttaaaattaaaa > 1:5748174/1‑116 TTTTATTTTAACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAAT < 1:3601529/128‑1 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GTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑ATAAAAAAAAAAAAAATCTATTTTTTAAAATTTAAATTTAATTtt > 1:6389570/1‑126 GTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAATATTTTTATTAAAAATAAAAAATAATTtt > 1:2956549/1‑126 GTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTACATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTATATAAAATATAAAATTAAattt > 2:3751438/1‑124 TATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTACAAATTAATTTTT > 2:708977/1‑128 TTACTTTTAAAAATATTTTTTCATTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTa < 2:1192167/128‑2 ACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTACATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAATATATTTTTTAAAATTAAAAAATAATT‑TTTTAAA > 2:4349432/1‑128 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tATACATATAAAACAAAATACCTAAAATTTATATTTTCAATATAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAA < 2:6538040/127‑1 aaaaTTATACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTACATTTT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATA < 2:1576607/124‑1 ATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAATAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTTATTTTTTAAATATTTGAATAAAAAAAAAATAATAAAAAAGATAATt > 2:4660110/1‑127 ATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGATATTTTTTAAAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATATAAAAAGATAATA > 2:2144910/1‑128 ATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAGATATTTTTTAAAAGTTAAAATTAATTTTTTAAAAATTTGAATATAAAAAAAATATATAAAAACAAAATA > 2:3214778/1‑128 TACTTATAAAAAAAAATACATAAAATTTATATTTACATTATAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATA < 2:6395379/128‑1 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AAAAAAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGA < 1:892533/128‑1 aatAAAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAA < 1:706183/125‑1 AAAAAAAAAAAGCTATTTTATACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAAC < 1:1167525/128‑1 AAAAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTAGTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAA > 2:2760781/1‑128 AAAAAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAAT < 2:6303129/128‑1 AAAGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATT < 2:3980377/128‑1 AGCTATTTTTTACAAGTTCAATTTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < 1:752931/128‑1 AGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTTTTTAAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < 2:665555/128‑1 ATTTTATGTTTTATTTAAGTTTTAATTAACATTAAATAATTTTAGTATTACTTTTAACAATATTTTTTCCTTTCTATTTTTTTAGATACTTAGACAACAAAATACCTAAAATTTATATTTCCATTAT‑AAAAAAAAAAAAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/165395‑165253‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaaaaaaaaaaaaGCTATTTTTTACAAGTTCAAATTAATTCTTTTAAAATTTGCATATACAAAAAATATCTAAAAAGATAATAGTTTTAGTTTCTTACTAATTCATACAAGTGCGATAAATTAATGAAACTAAATATTAT < CP016816/165249‑165123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |