| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 76896 = | 3953 (0.820) | 538 (0.120) | 161/226 | 16.0 | 13.7% | intergenic (‑145/+40) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein |
| ? | CP016816 | = 76892 | 3247 (0.750) | intergenic (‑141/+44) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4487 total aligned reads displayed.
TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACA‑TATAATTTTACCAA‑TTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACTT > CP016816/76769‑77024 | tatatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑ttttttt > 2:9825597/1‑128 (MQ=255) atatatTAGTGAACTTAAGGATGTATAAAACAAATTAATAATAACTTTACAACCCAAATTCCCCTTTAAAATCAAATAACATTATATAAATATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑tttttttt < 1:2823224/128‑1 (MQ=255) tatatTAGTGAACTTAATGATTTATAAAAAAAATTAATAATAACTGTAAAAACCAAATTCACCTTTAAATTAAAATAAAATTATATAAATATAAATTTTTTAAATAAAAATATTACAAC‑‑‑ttttttttt < 2:8039190/128‑1 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑tttttttttt > 1:10000149/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑tttttttttt > 1:4561584/1‑128 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑tttttttttt > 2:2441969/1‑128 (MQ=255) tatTAGTGATCTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCACCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAATAAAAATATTACAAC‑‑‑ttttttttttt > 1:8775121/1‑128 (MQ=255) tatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑ttttttttttt > 2:3212950/1‑128 (MQ=255) ttAGTTAACTTAAGTATTTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTACCCTTTAAATTCAAATAAAATTTTATAAATATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTAAAAC‑‑‑ttttttttttttt < 1:4381003/128‑1 (MQ=255) ttAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑ttttttttttttt > 2:2248965/1‑128 (MQ=255) 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tAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑tttttttttttttttgaaaataa > 2:3734211/1‑120 (MQ=255) aatttattataATAAAAAATAATAAAAACTTTTAAACCCAAAATACCCTTTTAATTCAAAAAAAATTTTATAAATATAAAATTTTTAAATAAAAATATTAAAAA‑‑‑ATTTTTTTTTTTTTTTGGAACTaa < 1:6172601/121‑1 (MQ=255) aaGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑ttttttttttttttttttttaaat > 2:8221683/1‑120 (MQ=255) tgttttataATAAAAATTAATAATAAATGTAAAAAACAAATTCACATTTAAAATAAAATAACATTATTTAAATATAAATTTTTTAAAAAAAAATATTACAA‑‑‑‑‑‑ATTTTTTTTTTTTTGGAACTAACa‑tat < 2:7715512/123‑1 (MQ=255) tgATTTATAATAAAAATTAATAATAACTGTAAAACCCAAATTTCCCTTTAAATTAAAATAACATTATATAAATATAAATTTTTTAAATAAAAATATTACAAC‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACa‑ta < 1:1218821/127‑1 (MQ=255) ggATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTATAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑tttttttttttttttgtataaaaaaa > 2:5487894/1‑117 (MQ=255) gATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGaaaaaaaata > 2:6461096/1‑121 (MQ=255) ataataAAAATTAAAAAAAAATTTACAACCCAAAATCCCCTTTAAATTAAAAAAACATTATTTAAATATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACA‑TATAAtt < 2:3349586/128‑1 (MQ=255) taataCAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGATATAACA‑TATAAttt > 1:7482539/1‑128 (MQ=255) taataCAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAAATAACA‑TATAAttt > 1:1630047/1‑128 (MQ=255) ataCAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACA‑TATAAtttt > 2:8927684/1‑128 (MQ=255) taCAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGTAAAAAAAA‑TATATTTTTAc > 1:8470401/1‑128 (MQ=255) 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TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACATTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATTACAAC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACA‑TATAATTTTACCAA‑TTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACTT > CP016816/76769‑77024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |