| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 177536 | 1765 (1.190) | 69 (0.050) | 38/226 | 21.8 | 4.2% | coding (643/645 nt) | JCVSYN2_00735 | hypothetical protein |
| ? | CP016816 | = 177541 | 1535 (1.160) | intergenic (+3/+16) | JCVSYN2_00735/JCVSYN2_00740 | hypothetical protein/translation initiation factor IF‑2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1821 total aligned reads displayed.
TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTAG > CP016816/177409‑177663 | agatattgacagcaacaaAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAg < 2:567952/116‑1 (MQ=255) tCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAATACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGa < 1:2771349/128‑1 (MQ=255) tCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACtttt < 1:1795709/128‑4 (MQ=255) tCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGa < 1:472572/128‑1 (MQ=255) cAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACttttc < 2:1332896/128‑5 (MQ=255) aaaTAGTACCAACAAAAAAACAATTAATACAAATTAAAAAACAATAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAAAATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACttttct < 2:2818149/128‑6 (MQ=255) aaaTAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACttttct < 2:2336596/128‑6 (MQ=255) taTAGTAACAAAAAAAAAAGAATTAAAACAAATTAAAAATCAAGAATACAAACTTTCTTAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAATTTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACttttcta < 2:176676/127‑7 (MQ=255) aaTAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAAGAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACttttcta < 2:1599204/128‑7 (MQ=255) aaTAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGaaaa < 1:2879180/128‑1 (MQ=255) aTAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAg < 1:2692182/128‑1 (MQ=255) aTAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAg < 2:360363/128‑1 (MQ=255) gTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACttttctagtct < 2:829524/128‑11 (MQ=255) gTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtct > 1:2084781/1‑128 (MQ=255) gTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATAAAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtct < 1:2569920/128‑1 (MQ=255) tACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTGTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctg > 2:1015030/1‑128 (MQ=255) tACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTATCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctg < 1:1306431/128‑1 (MQ=255) aCCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTCTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctgt > 1:59831/1‑128 (MQ=255) ccAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAAACTAGAAAAgtctgtc > 1:96196/1‑128 (MQ=255) caaAAAAACAATTAAAACAAATTAAACAACAAGAATACAAACTTTCAAAACAAAAAGAATATGAAGCACTATTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAACACAGCCTAGCAACgactgtctgag > 2:2022419/1‑125 (MQ=255) caaAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCtatt > 2:2400494/1‑128 (MQ=255) caaAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTACTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCtttt > 1:2507054/1‑128 (MQ=255) 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taaaaaGTAAGAGTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTAAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCt < 1:1377762/127‑1 (MQ=255) aaaaaaGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCt > 1:2619752/1‑128 (MQ=255) aaaaaaGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCt < 1:1633660/128‑1 (MQ=255) atagacagtcTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTa < 1:871174/126‑1 (MQ=255) aaGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATTTCTTCTTATTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCCTCtttta > 2:2171723/1‑126 (MQ=255) agacagacTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAAt < 1:1531001/128‑1 (MQ=255) cTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTa > 2:770931/1‑128 (MQ=255) cTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTNCTNNa < 1:3190082/128‑1 (MQ=255) cTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCAACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTa > 2:1292628/1‑128 (MQ=255) tAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTTATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTAg > 2:2539664/1‑128 (MQ=255) tAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTAg < 1:195683/128‑1 (MQ=255) tAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTAg < 1:2985916/128‑1 (MQ=255) | TAATCAAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTAG > CP016816/177409‑177663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |