| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 177536 | 1765 (1.190) | 69 (0.050) | 38/226 | 21.8 | 4.2% | coding (643/645 nt) | JCVSYN2_00735 | hypothetical protein |
| ? | CP016816 | = 177541 | 1535 (1.160) | intergenic (+3/+16) | JCVSYN2_00735/JCVSYN2_00740 | hypothetical protein/translation initiation factor IF‑2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1779 total aligned reads displayed.
AAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTAGCATCT > CP016816/177414‑177668 | aaTAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGaaaa > 1:3109369/1‑128 (MQ=255) tAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgt > 2:2541189/1‑128 (MQ=255) aGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtc > 2:399621/1‑128 (MQ=255) aGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtc > 2:131728/1‑128 (MQ=255) tACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTATAAAAAAAAAGACAGCGTAGAAAAggct > 2:549825/1‑128 (MQ=255) tACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctg < 1:247637/128‑1 (MQ=255) tACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctg < 1:1668151/128‑1 (MQ=255) tACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTATCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctg < 1:1306431/128‑1 (MQ=255) aCCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctgt < 1:509859/128‑1 (MQ=255) aCCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctgt > 2:3093706/1‑128 (MQ=255) ccAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctgtc < 2:715623/128‑1 (MQ=255) caacaaAAAAACAATTAAAACAAATTAAAACACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAgtctgtct < 2:2759572/128‑1 (MQ=255) acaaAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAAAAAGAATAAAAACTTTATAAACAAAAAGAATATGAAGAAATTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCttt < 1:2001583/128‑1 (MQ=255) aaaaaaaCAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCttttt < 1:1001280/128‑1 (MQ=255) aaaaaCAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTaa > 1:761454/1‑128 (MQ=255) aaaaCAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTATCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAat < 2:1968394/128‑1 (MQ=255) aCAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAattat < 1:1793934/128‑1 (MQ=255) cAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAattatt < 2:1639115/128‑1 (MQ=255) cAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAattatt > 2:345105/1‑128 (MQ=255) aaTTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCtt < 1:1575362/117‑1 (MQ=255) aaTTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTaattaatt > 2:1838516/1‑128 (MQ=255) aaTTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTAttt > 2:638305/1‑128 (MQ=255) ttAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTaa > 1:3054246/1‑128 (MQ=255) ttAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTATAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTaa > 2:891178/1‑128 (MQ=255) tAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATATGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAAt > 1:1938274/1‑128 (MQ=255) aaaaCAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCATTTAAATTATTTAAtt > 1:144905/1‑128 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTg > 1:2843698/1‑128 (MQ=255) aaCAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTAGTTAATTTg > 2:2034192/1‑128 (MQ=255) 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AAATAGTACCAACAAAAAAACAATTAAAACAAATTAAAAAACAAGAATACAAACTTTCTAAACAAAAAGAATATGAAGAACTTTTAAAGTTTAAAGAAAATTTGTAT‑AAAAAAAAGACAGACTAGAAAAGTCTGTCTTTTTAATTATTTAATTTGTTCTATTTTATAAGCTTCAAAAATATCTTCTTCTTTAATATCATTAAAGTTTTTAATAGTTAATCCACCTTCAAAACCAGCTTTAATTTCTTTAGCATCT > CP016816/177414‑177668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |