| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 76896 = | 2525 (0.810) | 277 (0.100) | 114/224 | 36.3 | 11.2% | intergenic (‑145/+40) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein |
| ? | CP016816 | = 76892 | 2131 (0.760) | intergenic (‑141/+44) | JCVSYN2_00300/JCVSYN2_00305 | UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2796 total aligned reads displayed.
TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACT > CP016816/76769‑77023 | ttATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑tttt > 1:5800413/1‑128 (MQ=255) tatattaaatAGTTAACTTAAGGATGTATAATAAAAATAAATGATAAATTTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAAAA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑ttttt < 2:5113340/119‑1 (MQ=255) atatTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑tttttttatt > 2:880876/1‑128 (MQ=255) tAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑tttttttttttttt > 1:244668/1‑128 (MQ=255) gTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAATTATT‑ACAA‑C‑‑tttttttttttttttg > 2:2174761/1‑127 (MQ=255) gTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑tttatttttttttttt > 1:4900022/1‑128 (MQ=255) taaCTTAAGGATGTATAAAAAAATTTAATAATAACTGTAAAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTTTATAAAGATTAATTTTTTAAATAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑tttttttttttttttgga < 2:233698/127‑4 (MQ=255) aCTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑TTTTTTTATTATTTTTgaac > 1:299779/1‑125 (MQ=255) cTTAATGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGAACAACCCAAAATACCCTTTAAATTAAAATAACA‑TTATATAAAGAAAAATTTTTTAAATAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACt < 1:1968821/128‑1 (MQ=255) aatAACGATTTAAAATACAAAATAAAAATAAATTTAACACCCAAAATCCCCTTTAAATTAAAAAAACA‑TTATTATAACATAAATTTTTTAAATAAAAATATT‑ACAA‑‑‑‑ATTTTTTTTTTTTTTTGGAACt < 2:2770586/126‑1 (MQ=255) 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ttataATAAAAATTAATAATAACTGTACAAACCAAATTCCCCTTTAAATTAAAAAAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATaa < 2:5808983/127‑1 (MQ=255) aatttataCAAAATAAAAATAAATGTACAAACCAAAATACCCTTTAAATTTAAATAACA‑TTATTTTAATATATATTTTTTAAATTAAAATATT‑A‑AA‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATaa < 2:330746/123‑1 (MQ=255) tataATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAATAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTAGAACTAACAGATAAt > 2:2918614/1‑128 (MQ=255) tataATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAAATAAAATATaa > 1:4096404/1‑128 (MQ=255) taaataaaaaataa‑aaTAACTGTAACACCCAAAATCCCCTTTAAAATAAAAAAACA‑ATAAATAAATATAAATTTTTTAAACAAAAAAAAT‑AAAA‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAAtt < 2:1141264/126‑1 (MQ=255) attataAAATTTAATAATAACAGTACACACCAAATTCACCTTTAAATTAAAATAACA‑TTATATAAATATAAATTTATTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAAttt < 1:2569205/125‑1 (MQ=255) ataataCAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑TTTTTTTTTTTTTTTT‑GAAATAAAATAAAAtt > 1:3158494/1‑128 (MQ=255) aaaaaaCAAATTAAAAATAACTTTTCAACCAAAATTCCCCTTTAAATTTAAATAAAA‑TTATATAAAAATAAATTTTTTAAATAAAAATATT‑AAAA‑C‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAAtt < 2:6489051/123‑1 (MQ=255) taataCAAAATAATAAAAAATTTAAAAACCAAATTTCCCTTTAAATTAAAATAACA‑TTATATTAATATAAATTTTTTAAATAAAAATATT‑ATAA‑C‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAAttt < 2:3662821/128‑1 (MQ=255) ataCAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑TTTTTTTTTTTTTTTT‑TAACTAACATATAAtttaa > 1:3465775/1‑126 (MQ=255) ataCAAATTAAAAATAACTTTACAACCAAAATTCCCCTTTTAATTCAAATAAAA‑TTATATAAAGTTAAATTTTTTAAATAAAAAAATT‑ACAA‑‑‑‑ATTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTa < 1:4313537/128‑1 (MQ=255) taCAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑AGAA‑A‑‑TTTTTTTTTTTTTTTT‑TAACTAACATATAATTTAAc > 1:2682954/1‑128 (MQ=255) 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TTATATATATTAGTGAACTTAAGGATGTATAATACAAATTAATAATAACTGTACAACCCAAATTCCCCTTTAAATTCAAATAACA‑TTATATAAAGATAAATTTTTTAAAGAAAAATATT‑ACAA‑C‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTGGAACTAACATATAATTTTACCAATTATTAGAATTTCAATTTCACAGATGAATTGATTTCTTCTAATAATTTGTCTATATAGATGTTTTTTATATCTAAATCAGTGATCTTTACT > CP016816/76769‑77023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |