| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,187,816 | Δ15 bp | coding (2467‑2481/4224 nt) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4187816 | 4187830 | 15 | 38 [0] | [0] 39 | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4187815 | 0 (0.000) | 38 (0.750) | 37/296 | 0.6 | 100% | coding (2466/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| ? | NC_000913 | 4187831 = | 0 (0.000) | coding (2482/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit | |||||
ATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGC > NC_000913/4187669‑4187963 | aTCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtg > 1:453635‑M1/1‑147 (MQ=255) ccacccacGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtg < 2:101266‑M1/150‑8 (MQ=255) ccacccacGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtgg < 2:160457‑M1/148‑6 (MQ=255) gCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagc > 2:140988‑M1/1‑132 (MQ=255) ggTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcg > 1:67859‑M1/1‑123 (MQ=255) cTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatc > 1:197447‑M1/1‑120 (MQ=255) ggATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgta < 2:50982‑M1/151‑37 (MQ=255) aTACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtact < 1:682243‑M1/151‑39 (MQ=255) aCCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgg < 1:180818‑M1/151‑41 (MQ=255) gAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgt > 2:734642‑M1/1‑103 (MQ=255) gAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgt < 1:27911‑M1/150‑48 (MQ=255) tGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgct > 1:505648‑M1/1‑97 (MQ=255) gCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgct < 2:259162‑M1/150‑55 (MQ=255) gAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTTTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgccgaa < 1:774306‑M1/151‑58 (MQ=255) cGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgtt > 2:106569‑M1/1‑88 (MQ=255) gTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttct < 1:86798‑M1/151‑66 (MQ=255) gtcgtcTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtac > 2:740405‑M1/1‑74 (MQ=255) cgtcTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtact < 2:634747‑M1/150‑79 (MQ=255) 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tACCCATGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgccgcgcgatcgcgtaatgggtcgagtaactgctgaagacgttctgaagcagggtacagatgatatactcgttccgcgcaacacgctgttgcacgaacagaggggtg > 1:748612‑M1/1‑22 (MQ=255) aTGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgct > 2:203146‑M1/1‑17 (MQ=255) aTGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgct < 2:61494‑M1/151‑135 (MQ=255) tGAAGGTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgctg > 1:562817‑M1/1‑16 (MQ=255) ggTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgctggaag < 2:552942‑M1/151‑140 (MQ=255) ggTATCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgctgga > 2:392738‑M1/1‑12 (MQ=255) aTCATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgctggaagag < 2:449451‑M1/150‑142 (MQ=255) cATGATGggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgctggaagagaac < 2:581812‑M1/151‑145 (MQ=255) atgatgggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgctggaagagaact > 1:310659‑M1/1‑6 (MQ=255) atgggtggtgacgttaaagagccgctgcgcgatcgcgtactgggtcgtgtaactgctgaagacgttctgaagccgggtactgctgatatcctcgttccgcgcaacacgctgctgcacgaacagtggtgtgacctgctggaagagaactctg > 2:427265‑M1/1‑3 (MQ=255) | ATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGAAAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGC > NC_000913/4187669‑4187963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |