| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 657,215 | Δ25 bp | intergenic (+98/‑53) | pagP → / → cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 657215 | 657239 | 25 | 64 [0] | [0] 63 | pagP/cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 657214 | 0 (0.000) | 62 (0.980) | 55/296 | 0.3 | 100% | intergenic (+97/‑78) | pagP/cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein |
| ? | NC_000913 | 657240 = | 0 (0.000) | intergenic (+123/‑52) | pagP/cspE | phospholipid:lipid A palmitoyltransferase/constitutive cold shock family transcription antitermination protein; negative regulator of cspA transcription; RNA melting protein; ssDNA‑binding protein | |||||
GGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/657064‑657214‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTT > NC_000913/657240‑657389 GGTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACT < 2:697827/151‑1 GTACCTACAACAATGGCAATGTGTACTTTGCCTGGATGCGCTTTCAGTTTTGAGACAAATGAAGTTTTAGTAACTTCTTTAAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTA < 2:56858/151‑1 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1:954689/1‑151 AAAATCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTG > 1:316065/1‑151 TCAATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTT > 1:446561/1‑151 AATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAA < 2:679311/151‑1 ATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAAT > 2:948384/1‑151 ATAGCTAAAATAAGTAACATCAAAAATAACGCGACTTTTATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAAT < 1:316850/151‑1 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1:967630/150‑1 TATCACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACG < 2:519342/150‑1 CACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAG < 1:170346/151‑1 CACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGC > 2:727288/1‑149 CACTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGC > 1:173920/1‑149 CTTTTTAGTAAAGTTACACTACTGGTAACCGACACAGCATTTGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGC < 1:721591/150‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |