| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 346068 = | NA (NA) | 105 (1.210) | 90/586 | 0.0 | 99.1% | intergenic (‑51/‑107) | LY180_01675/LY180_01680 | CadC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | = 363812 | 1 (0.010) | intergenic (‑39/‑249) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase | |||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TGCCATCATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCG > CP006584/345771‑346358 | catcatcatCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACtga < 1:546291/298‑1 (MQ=255) atcatcatcGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACtgat > 1:543162/1‑298 (MQ=255) atcatcatcGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACtgat > 2:738956/1‑298 (MQ=255) ccacGATAGCAACGCGCAACGCTTGGATCGCCGTCGGACGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATc < 2:543162/295‑1 (MQ=255) cgctgaaggcATGGTTCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTTTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGAttt < 2:796017/290‑1 (MQ=255) caacgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACAACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGAAGGGTCCATCCGCCAGTCGTGGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGt > 1:765739/1‑298 (MQ=255) aacgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAACGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGGTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACATTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAACCCCCTAATGATTTTGGTa > 2:460065/1‑298 (MQ=255) aacgcATGGATAGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGAAG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGGATTAAGGCATTAAGCCACGGGTCCAACCGCCGGTTGTCGCTAATAATACGCTTAGTTGAGTTTACCTTATCAAGGGATAAATGTTTCCTAATAGTGCTTTTCAACTATAAATACCCTAATGATTTTGGTa > 2:315807/1‑298 (MQ=255) cATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTaaaaa > 1:177280/1‑298 (MQ=255) cATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGAAAATTGTTTCTTGATGGTCTTTTGCATTGTTAAAT‑CCCTTATTATTTTTGTaaaaaa > 1:191707/1‑297 (MQ=255) tGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATc > 1:258882/1‑298 (MQ=255) ttctgtctgtgggCAGTCTGTTTACACCGAATAAGGGGTTATTCCATACTTCGTGATAACAATAAGAGAGCGATAAAACCACATCGACATTTTTTGC‑TAATTTTTCCAGCAAAAGAAAATGGTATTCGCCGAGACGTCG‑TGTTTCACCCGTTTCGTAATGTATTAAGGCATTAAGCGACTGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCa < 2:43486/287‑1 (MQ=255) ccccGGCGGTAGGCTGTTTCCGCCGAAAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAAACACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaa < 2:706167/296‑1 (MQ=255) cGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaa < 2:255634/298‑1 (MQ=255) tCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATTATTTTGTTAAAAATCAttaagttaa > 2:580165/1‑298 (MQ=255) tCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaagttaa > 1:699767/1‑298 (MQ=255) gCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGt > 1:653737/1‑298 (MQ=255) cagccggttCCGCCGACCATTCGGTTTTTTCATACCTTGGGAAATAAATAAGAACGCGATAAAAACACATCGGGATTTTTTGCGTAAGTTTGCCAG‑AAAATAAAAAGGTTTTCGGCGGGACGGAG‑TGGTTCACCCCTTTTGGAATGTATTAAAGCATTAAACGGCGGGGCCATCCGCCAGGTTTTGAATATAATTCTCCATGTTTGGTTTTCCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTgg < 2:191707/291‑1 (MQ=255) ggCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGa > 1:416171/1‑298 (MQ=255) cTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATCCTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCATAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGTTGGATa > 2:415119/1‑298 (MQ=255) tCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACAt > 2:579495/1‑298 (MQ=255) aCAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCa < 1:632015/298‑1 (MQ=255) 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cacaTAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGTTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATAAACATCTTGTCATATGATCAACTGGTTTCGCGaaaaa > 1:211141/1‑298 (MQ=255) aaataaGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCaat < 2:241076/298‑1 (MQ=255) taaGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGAGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATAAATCCCCTAATGTTTTTGGTAAAAATAATTAAGTTATGCTGGCTACACATCTTGTCATACGATAAATTGGTTCCGCGAAAAATCaacaat > 2:30077/1‑298 (MQ=255) 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cAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCgag > 1:553396/1‑298 (MQ=40) gATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCCACAGCTTAACGTCTGCTTTACACGCATTACTTGACTGTAAAACTACAAACATTAACAACCTTGGCCGTAACCTACCAACCAAACCGCGAATaa > 2:590616/1‑298 (MQ=11) cTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAAAATCa > 2:321221/1‑298 (MQ=18) | TGCCATCATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGC‑TAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACG‑TGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCG > CP006584/345771‑346358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |