New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 4496128 = | NA (NA) | 69 (1.190) | 63/540 | 0.1 | 93.8% | intergenic (‑2037/‑83) | LY180_21445/LY180_21450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | CP006584 | 4565632 = | 5 (0.080) | intergenic (‑372/+82) | LY180_21775/LY180_21780 | hypothetical protein/lysine 2,3‑aminomutase |
TAACAATAATGCCTTTCTCGCCCTCAACGAACGTAATGTTAGAGATATCCTGGCCGCGCACCTGATACATTTTATCGGTGACTTTGAACAGGCCAGAAATACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACC‑AAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCG > CP006584/4495844‑4496398 | tAACAATAATGCCTTTCTCGCCCTCAACGCACGTAATGTTAGAGATATCCTGGCCGCGCACCTGATACATTTTATCGGTGACTTTGAACAGGCCAGAAATACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATAAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTAACGTTCGAATCACGCAGAATACCTTCATCCATGAACCGGGCGATAAAACCACCCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATATTTTTTACAAAAACCAtaaag > 2:579346/1‑299 (MQ=255) aaaatGTCTTTCTCGCCCTCCACTACAGTAATGGTAGAGATATCCTGGCTGCGGACCTGATACGTTTTTGCGGTGACTTTGAACCGGCCAGTAATACCGTTGATTTGCGGCTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCTCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaagttaag < 2:614425/297‑1 (MQ=255) atccctttccggcttCAACGGACGTTATGTTAGGTATAGCCGTGCCGCGCACCTGATGCATTTTATTGGGGGATTTGAACAGGCCAGAAGTACCGTTGATTGGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATCTGTAATCGTCCGCTCGGTAGTACGCTTTACCGTTAGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGTCGATAAATCCACGCTGGGGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTgg < 2:464299/285‑1 (MQ=255) tctcGCCCTCAACGAACGTAATGTTAGAGATATCCTGGCCGCGCACCTGATACATTTTATCGGTGACTTTGAACAGGCCAGAAATACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGTCATTAATATCCAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCACCACCCAGAATAACTTCATCCAGCAGCGGTGCGCTAAATCCACGCTGGGCACTGCAACATCCCATAATCACTTTTGTAAAACACATCAACTTACTGTGGAtccca > 2:592715/1‑295 (MQ=255) tctcGCCCTCAACGAACGTAATGTTAGAGATATCCTGGCCGCGCACCTGATACATTTTATCGGTGACTTTGAACAGGCCAGAAATACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATacac < 1:605475/299‑1 (MQ=255) tcGCCCTCAACGAACGTAATGTTAGAGATATCCTGGCCGCGCACCTGATACATTTTATCGGTGACTTTGAACAGGCCAGAAATACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACAt < 1:199243/299‑1 (MQ=255) aacgaacgTAATGTTAGAGATATCCTGGCCGCGCACCTGATACATTTTATCGGTGACTTTGAACAGGCCAGAAATACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCat > 1:334969/1‑299 (MQ=255) 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aaTACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTCAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCCGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATCATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATAATCAAATGGTCTCGCGAAAAATCAAAAATCAGACAACAAGATATGCGACCTCGATATTTTACACGCctc > 2:536158/1‑299 (MQ=255) tACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCCAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACACACAGATGTTCGAAATCGATATTTTAAACGActctc > 2:711807/1‑299 (MQ=255) ccGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCtt < 1:698531/299‑1 (MQ=255) tGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTACACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACGTCTGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAAACATTACGTTAAGGTGGATAAACTTCTTGTCATATGATCAAATGGTTTAGTGCAAAATAAATAATCAGAACACAAGAAGTTCTAACTGACTATTTTacaccaacacttatccc > 2:312054/1‑286 (MQ=255) ccGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTACTGAGTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCTCCAACAATCAATAATCCAACAACAAGATTCACGACATCGATTTTTTACAAGACCATATTTACCAAATca > 2:617507/2‑298 (MQ=37) gACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGc < 1:592715/299‑1 (MQ=255) 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cACGCCGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGTCGATAAATCCACGCTGGGCCCTGATGAATCCCCTAATGATTGTGGTAACAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCCTATGATCAAATTGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACGCGATATTTTACAAGACTCTCTTCACCACTTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCATAACGTTGGCTTGCACCGCATTACTCGACTGTAAAACTCCCACACTTACCGAACTTGGCCGTAAcc > 2:147451/1‑299 (MQ=14) aCGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCt < 1:313158/299‑1 (MQ=255) gCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGc > 1:546739/1‑299 (MQ=255) aaTACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGccaac < 1:401471/299‑1 (MQ=255) aTACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGccaacc > 1:227858/1‑299 (MQ=255) ccAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAAGCAGAAAACAAGATGTGCGAACGCGATATTTTACACAACTCTCTTTACCAATTCTGACCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGTCTTGCCACGCAATACCTGGACGTAAAAACCTCCCCTTTACCGCACTTCGCCATCACCCGCAACCCAAAAGCgaga > 2:317042/1‑299 (MQ=14) cagcagCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACC‑AAAGCGAGAAc < 1:425624/299‑1 (MQ=39) gATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACC‑AAAGCGAGAACAAaacataacat > 1:458702/1‑299 (MQ=34) aTAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACC‑AAAGCGAGAACAAAACATAACATc < 1:579346/299‑1 (MQ=33) tAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACC‑AAAGCGAGAACAAAACATAACATCa < 1:534279/299‑1 (MQ=33) aaTCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTCCCAACC‑AAAGCAAAAACAAAACATAAAATCaaa > 2:599488/1‑299 (MQ=18) ggCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTTCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTAATTGACTGTAAAACTCTCCCTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTTCCAACC‑AAAACGAGAACAAAACATACCATaaaaaaaaacaaccg > 2:602268/1‑288 (MQ=11) | TAACAATAATGCCTTTCTCGCCCTCAACGAACGTAATGTTAGAGATATCCTGGCCGCGCACCTGATACATTTTATCGGTGACTTTGAACAGGCCAGAAATACCGTTGATTTGCGACTGACGCCACAGGCTGGGGTTTACGGTTTCCGGCGCTGCGGCATTAATATCAAATTTGTAATCGTCCGCGCGGTAGTAAACTTTACCGTTCGCATCACGCAGAATACCTTCATCCAGCAGCGGGGCGATAAATCCACGCTGGGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACC‑AAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCG > CP006584/4495844‑4496398 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |