| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 2891935 | NA (NA) | 68 (1.080) | 57/586 | 0.2 | 97.2% | intergenic (+12/+249) | LY180_13750/LY180_13755 | hypothetical protein/transcriptional regulator |
| ? | CP006584 | = 3268631 | 2 (0.030) | coding (88/1119 nt) | LY180_15515 | hydrogenase 2 small subunit | |||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
AAATACCGTTATCTTTTAATGGGATGGAACCATCCACAACCAACACATACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTAATGCCGTGAGAATGGATGAGGGTGTTATCTCCAGTCATTTATAGTTATTCCGTTGCGAAGACCTGGCATATATTTTGCCTCAATCGCAAAATCAATAATGCGATCGATGCGCCATTTACCACACATTTATTATGGTTATCGATATCATGATACTGCGGCGGGGCGCTAAAACGAAGGGAAGAAGCATTAGTGTAATTAATTAAAGCAAGATAATACGTATGTTTGATCAATTTTCGAGGCGATAACCGG > CP006584/3268334‑3268929 | ttgttttatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCa > 1:380064‑M1/288‑299 (MQ=255) tACCGTTGTCTTTTAATGTGAGGGAACCACCCAAACCCACCGCATACTGCCCTTTGTACGTCTCAAGTGCGTTTGGTTTGGTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGGTCCTCCAGAGAGTTAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCtgag > 2:224561‑M2/1‑295 (MQ=255) ttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTggcggc < 1:688667‑M1/22‑1 (MQ=255) tgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTaa < 1:312338‑M1/25‑1 (MQ=255) tgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAAtgctg < 1:61007‑M1/30‑1 (MQ=255) cgaTGGAACCATCCACAACAAACACATACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCCCCCCAACCCAGATAACTGGCGGACGCCGCGGGTTAGTAACCGATTCCGCCATCCCTGCCGCGGCTTTGCTCCTTACCCCtgagcgctcccctcataattta < 2:70568‑M2/298‑23 (MQ=255) tcttggtttgtttgacgagttacgtccaagttcggtaagagtgagagttgttcagtcaagtaattcgtggcgagccaacgttaagctgttgattcgttttaagtgtaattcgtggaattatgggtaaagatattcgtgtaatatatcgagttcgcacatcttgttgtccgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtaaccaccttaacttaatcatttttactataatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGGTAATGCTGcac > 2:664143‑M1/267‑299 (MQ=255) 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ggattcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTAATGCCGTGAGAATGGATGAGGGTGTTATCTCCAGTCATTTATAGTTATTCCGTTGCGAAGACCTGGCATATATTTTGCCTCAATCGCAAAATCAATAATGCGATCGATGCGCCATTTACCACACATTTATTATGGTTATCGATATCATGATACTGCGGCGGGGCGCTAAAACGAAGGGAAGAAGCATTAGTGTAATTAATTAAAGCAAGATAATACGTATGTTTGATCa > 1:292638‑M1/12‑299 (MQ=255) cGGCTTTGCTACTTAACCCtgagagatcccctcataatttccccaaagcgtaaccatgtgtgaataaattttgagctagtagggttgcagccacgagtaagtcttcccttgttattgtgtagccagaatgccgcaaaacttccatgcctaagcgaactgttgagagtacgtttcgatttctgactgtgttagcctggaagtgcttgtcccaaccttgtttctgagcatgaacgcccgcaagccaacatgttagttgaagcatcagggcgattagcagcatgatatcaaaacgctctgag < 1:352580‑M2/299‑281 (MQ=255) attcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTAATGCCGTGAGAATGGATGAGGGTGTTATCTCCAGTCATTTCTAGTTATTACGTTGCGAAGACCTGGCATATATTTTGCCTCAATCGCAAAATCAATAATGACATCGATACGCAATTTACCACACATTTCTTATGGTTATCGATATCATGATACTGCGGCGGGGCCCTAAAACAAAGGGAACAAGCAATAATGTAATTAATTAAAGAAAGATAAAACGTAAgtttgaatcat < 2:370202‑M1/290‑6 (MQ=255) 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AAATACCGTTATCTTTTAATGGGATGGAACCATCCACAACCAACACATACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTAATGCCGTGAGAATGGATGAGGGTGTTATCTCCAGTCATTTATAGTTATTCCGTTGCGAAGACCTGGCATATATTTTGCCTCAATCGCAAAATCAATAATGCGATCGATGCGCCATTTACCACACATTTATTATGGTTATCGATATCATGATACTGCGGCGGGGCGCTAAAACGAAGGGAAGAAGCATTAGTGTAATTAATTAAAGCAAGATAATACGTATGTTTGATCAATTTTCGAGGCGATAACCGG > CP006584/3268334‑3268929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |