New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 3379202 = | 1 (0.040) | 41 (1.460) | 34/586 | 0.1 | 97.6% | intergenic (+70/‑172) | LY180_16040/LY180_16045 | membrane protein/membrane protein |
? | CP006584 | = 3672183 | NA (NA) | coding (474/477 nt) | LY180_17575 | membrane protein |
GGCGTTAATCAGAGTAAACATCCAGTACTCTTTACGACGTGCGCGACCAGAGAAACCAACATAATTTTTTAATACGGCTAAATACCACTGCATAAAAACATCCCTTTAATTAAAAGTGACGAAAGTCTATTCCGGGTATTGTGTAAATGCTATTCGTATCTTTCTTTTTCGGATGTTATAAAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP006584/3379466‑3379202 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTCGTTCGGCTAT < CP006584/3672183‑3671887 GGCGTTAATCAGAGTAAACATCCAGTACTCTTTACGACGTGCGCGACCAGAGACACCAACATAATTTTTTAATACGGCTAAATACCACTGCATAAAAACATCCCTTTAATTAAAAGTGACGAAAGTCTATTCCGGGTATTGTGTAAATGCTATTCGTATCTTTCTTTTTCGGATGTTATCAAGGTTTTGATATTTAAGATAATTAAATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATTTTTTAAATAAACATTACTGAGAGATTCTCCCATAATTTCCCCAAAGCGT > 2:3976/1‑298 AATCAGAGTAAACATCCAGTACTCTTTACGACGTGCGCGACCAGAGAAACCAACATAATTTTTTAATACGGCTAAATACCACTGCATAAAAACATCCCTTTAATTAAAAGTGACGAAAGTCTATTCCGGGTATTGTGTAAATGCTATTCGTATCTTTCTTTTTCGGATGTTATAAAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCAT < 2:191907/298‑1 aaacttcctgatCTCTTTACGACGTGCGCCACCAGAGAAACCACCATAATTTTTTAATACGGCTAAATACCACTGCATAAAAACATCCCTTTAATTAAATGGGCCGAAAGTCTATTCCGGGTATTGGGTAAATGCTATTCGTATCTTTCTTTTTCGGATGTTATAAAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTCATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATA < 2:16875/286‑1 ATCCAGTACTCTTTACGACGTGCGCGACCAGAGAAACCAACATAATTTTTTAATACGGCTAAATACCACTGCATAAAAACATCCCTTTAATTAAAAGTGACGAAAGTCTATTCCGGGTATTGTGTAAATGCTATTCGTATCTTTCTTTTTCGGATGTTATATAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATT > 1:119838/1‑298 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tAAGTCTATTCCGGGTATTGTGTAAATGCTAATCTTATCTTTCTTTTTCGGATGTTATAAAGGTTTTTATATTTAAGATAAATACATGGTTGATTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATAGTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTT < 2:326641/297‑1 tgttctgGGGTGTTGTTTAAA‑GTTATTTGGATATTTCTTTTTCGGTATTTATTAAGGTGTTTATATTTAAGGTAAATAAATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTAGAGAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATACCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATT < 2:207522/291‑1 TAAATGCTATTCGTATCTTTCTTTTTCGGATGTTATAAAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTT < 2:317637/283‑1 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GATGTTATAAAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGTGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCAACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATATTGTAGCAAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACTTTTCAATTTCTGACTGCGTTCGCCTGGACGTGCTTGTCCACACCGTGTTTtt > 2:307908/1‑296 GATGTTATAAAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCT > 1:181851/1‑298 TGTTATAAAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACCTTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTACCCATGTGTGAATAAATTTTGATCTAGTAGGTTTACAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCTCTTCCTAAGCAAACTGTTGAGATTCCGTTTCTATTACTGCCTGTTTTAGCCTCGACTTGCTTGCTCCATCCTTGTTTCTGt > 2:247885/1‑297 AGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAAC > 1:162726/1‑298 TAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTTAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGATAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTCAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCTGGAACGCCCGCCAGCCAACATGT > 2:312986/1‑298 TACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGT < 1:111347/298‑1 AATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCA > 1:74363/1‑298 tagAACGAACTTGAAATATTTTAAATAAACAGTACTGAGAAATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGAGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGGAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGGCTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGA < 2:162726/295‑1 ATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGAT > 1:324351/1‑298 AACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATAT < 1:56214/298‑1 TTTTAAATAAACATTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGCTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGC > 1:722/1‑298 TTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGT > 2:168545/1‑174 TTACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGT < 1:168545/174‑1 TACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTCGTTCGGCTA > 1:196166/1‑298 TACGGAGAGATCCCATCCTAATTTCCCCAAATCGGAACGCAGTGTGAAATAATTTTGGGCTGGTAGGGGTGCAGTCACGAGTAAGTCTTCCCTTGGTATTTTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCTAACGGTTGGGCGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCGGGAAGTGCTTGGCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTCGTTCGGCTA < 2:44779/298‑1 ACTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCTTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTCGTTCGGCTAT < 1:72360/298‑1 GGCGTTAATCAGAGTAAACATCCAGTACTCTTTACGACGTGCGCGACCAGAGAAACCAACATAATTTTTTAATACGGCTAAATACCACTGCATAAAAACATCCCTTTAATTAAAAGTGACGAAAGTCTATTCCGGGTATTGTGTAAATGCTATTCGTATCTTTCTTTTTCGGATGTTATAAAGGTTTTGATATTTAAGATAAATACATGGTTGTTTTTTATAGGTAATTTATATAACGACATTGAAATATTTTAAATAAACATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP006584/3379466‑3379202 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTCGTTCGGCTAT < CP006584/3672183‑3671887 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |