New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | = 347397 | 24 (0.850) | 21 (0.750) | 18/584 | 0.6 | 62.8% | intergenic (+14/‑444) | LY180_01680/LY180_01685 | hypothetical protein/flagellin |
? | CP006584 | 363805 = | 1 (0.040) | intergenic (‑32/‑256) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase |
CACTCTCCGCTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTTGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCTGGT > CP006584/363509‑364083 | cACTCTCCGCTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAatat > 1:157522/1‑298 (MQ=255) aacgagcagctcagagagttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGc > 1:46655‑M2/292‑298 (MQ=255) gCTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGct < 1:147773‑M2/298‑3 (MQ=255) cagccaaacTCGGCATCCCAACGGCCATTGCCAGTCAATTGGTCGTTAGTTTTTTTCTTGCCGTTAAAACCAAAATGGATCTAATTTTGGTCGCAATCTTTACTGTCGTGATCACTCATATAATGCATGGATTTAACTTTTCCATAGACATCCGGTGTATTTCCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGGACGGATGCAGATGCCACAATGGCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTGTCATTGTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaagcg > 2:70201‑M2/5‑287 (MQ=255) 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cTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGTGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatcattaagttaaggtggatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcgcgaaaaatcaataatcagacaacaagatgtgc < 1:139002‑M2/298‑114 (MQ=255) tcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagctttgcggcattctggctacactataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGATATTGTTAACGATATATTACATATTAATAATATTCTTAAACAGAGTTAATCACTTAAATGTGAATTAAAAGCGTAAACAACTACCGTTACGCt > 2:141413‑M2/160‑298 (MQ=255) tttAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatcattaagttaaggtggatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcgcgaaaaatcaataatcagacaacaagatgtgcgaactcgatattttacacgactctcttta < 1:260705‑M2/298‑143 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |