New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | = 1435631 | 1 (0.040) | 27 (0.960) | 23/586 | 0.3 | 96.4% | coding (690/951 nt) | LY180_06790 | universal stress protein E |
? | CP006584 | = 1666594 | NA (NA) | intergenic (‑107/+75) | LY180_07840/LY180_07845 | hypothetical protein/porin |
GATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCACCCACTTTCAATGCATGCCAGAGTGTCGTTTTATAAGCCGATTCATTTAGTGTTACACCCTGCTGAGTTTTGTTCTG > CP006584/1666305‑1666890 | gATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGc > 1:13954/1‑298 (MQ=31) ttCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTa > 1:214778/1‑298 (MQ=31) tgttTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAGATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCAt > 1:203783/1‑298 (MQ=37) agagTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATAGCGAGTTCGCACATCTTGTTCTCTGATTAGTGATTTTACGCGAAACCCTTTGCTCATATGACTAGCAGTGTAACCACATTAACTTAATGATTTTTACCTAAATCAATAGGGGATTCATCAATGCGAGGCTACCGCACCGCCCGTTAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGAACGACCTAACTACTTAACTAAAATCGAt > 2:119193/1‑298 (MQ=14) tttaattgcaGTAATGCGTGGCATGTCAACGTTAGGCTGTTTAATCGGTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGATCATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCGTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTaccac < 2:322242/289‑1 (MQ=18) ttAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACt > 1:326949/1‑298 (MQ=255) gCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTc > 1:92413/1‑298 (MQ=255) gTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCttt < 1:136014/298‑1 (MQ=255) ttttAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTtctc > 1:57914/1‑298 (MQ=255) gctatttGGTATAGTGGTTCGTGTAAAATGTGGATTTCTAACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTTATCATATGACAATATGTGTATCTATCTTAACTTAATGATTTTTTCCACAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGAGGCTACCTCACCGCCCCATAAAAATCCTTTTTTAACTCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACTACCAGACTTCCGCCTTGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGAt < 2:13954/293‑1 (MQ=25) 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ttCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATa > 1:300915/1‑298 (MQ=255) aTCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACAATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAACTTCCCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGACTCTTGATATAAGTTCCAAAAAAACGa > 2:72045/1‑298 (MQ=37) tCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGaa > 1:66783/1‑298 (MQ=255) tGATTTTTCGGGAAACGATTTGAACATATGAAACGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGAGTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCTCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATAAACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCt < 2:143953/298‑1 (MQ=255) ccATTTGATAATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTATGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCAccc < 2:124916/298‑1 (MQ=255) ttGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCACCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACCTACACAACTCATTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATCAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTAGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGACGCGAATTTCTGGTCGTGAACCCAAACTTCTTTCAACAACtt > 2:271444/1‑298 (MQ=39) tCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCCCCGCCCCATAAAAACCCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTCCCGCCTGCATGCCGGCCCTAAACTCGTCTTCGCTGTTCCCATTAAACTTAAAATTCGATTATTCGTTATCCAAAATCTTGATAATAGTTCCGTAAATGAGAATTTCCGGTAGTAACACTAAATTACTTTATCCCACTATCac > 2:115712/1‑297 (MQ=37) taaTGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCACCCACTTTCAATGCATGCCAGAGTGTCGTTTTATAAGCCGAt < 1:133513/298‑1 (MQ=255) aTTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCACCCACTTTCAATGCATGCCAGAGTGTCGTTTTATAAGCCGATTCAtt < 1:201499/298‑1 (MQ=255) tcatcaGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCACCCACTTTCAATGCATGCCAGAGTGTCGTTTTATAAGCCGATTCATTTAGTGTTACACCCTGCTGAGTTTTg < 1:72045/298‑1 (MQ=255) tcaGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCACCCACTTTCAATGCATGCCAGAGTGTCGTTTTATAAGCCGATTCATTTAGTGTTACACCCTGCTGAGTTTTGTTc > 1:288424/1‑298 (MQ=255) tcaGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGAGTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCACCCACTTTCAATGCATGCCAGAGTGTCGTTTTATAAGCCGATTCATTTAGTGTTACACCCTGCTGAGTTTTGTTc < 1:119193/298‑1 (MQ=255) aGTTCGCTGCTACCAGACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGAAATTAGTAAGTCCTTAACTAAAGTAGTTTCCCACCGTACTGCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTTATTAAATTTAAAATTCGATTAGTCTGTATCCAGAATATTGATATACGTTACATAGAAGCGAAGTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCACCCACTTTCGATGCATGCCAGAGTGTCGTTTTATAAGCCGATTCATTTAGTGTTACACCCTGCTGAGTTTTGTTCTg < 2:326949/298‑1 (MQ=255) | GATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTTTACCAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTGCGCGGCTACCGCACCGCCCCATAAAAAACCTTTTTTAAATCCTGACATACACAACTCCTTAACTAAAATAGATTACCACCAGACTTCCGCCTGGATGCCGGCCATAAACTCGTCTTTGCTGTTCTCATTAAACTTAAAATTCGATAATTCGTTATCCAGAATATTGATATACGTTCCATAGAAGCGAATTTCTGGTCGTGAACCTAAAATGCTTTCACCCACTTTCAATGCATGCCAGAGTGTCGTTTTATAAGCCGATTCATTTAGTGTTACACCCTGCTGAGTTTTGTTCTG > CP006584/1666305‑1666890 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |