| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 347397 | 59 (1.420) | 35 (0.850) | 30/584 | 0.5 | 54.4% | intergenic (+14/‑444) | LY180_01680/LY180_01685 | hypothetical protein/flagellin |
| ? | CP006584 | 363805 = | 0 (0.000) | intergenic (‑32/‑256) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase | |||||
ATAGCCGAACGAGCAGCTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCATAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAATATTTTATGGTAATAGGATTATTCTTAATCACTATATGGCGTGGAAATGTAACGAAATGACAGGACAGGTACAATAGCCAAATGTGTACTATTTGCAACGCAATGTAAATTTTGGCATCAGTACATTGAGAAGAAAACGCGTTAATTGATGGTAATCTTAACTATATCAAGCGTTTGATAAAGACATATTTTGATACCTGGCCATGTGGCAGATATTGCTAATAATCTTTTTA > CP006584/347100‑347692 | aTAGCCGAACGAGCAGCTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGT < 1:306084‑M1/298‑1 (MQ=255)aTAGCCGAACGAGCAGCTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGT < 1:327077‑M1/298‑1 (MQ=255) cagcagcTCTGATAGATTTGTGTTCATGCTGCTAATCGCCCTGAGTCTTCAACTAACATGGTGGCTGTCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTGTGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGGACTCTCAACAGTTCGCTGAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCATa < 2:177100/297‑1 (MQ=11) gcagcTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggag > 1:32243‑M1/1‑286 (MQ=255) agcTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCATAAAGc < 1:182411/298‑1 (MQ=34) gcTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagc < 2:172867‑M1/298‑16 (MQ=255) cTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAGTTATGAGGGGAGCTCTCAGTattcagcgggagagcc > 1:301237‑M1/1‑282 (MQ=255) agagTTTTGATATCATGCTTGTAATCTCCCGTATGCTTCAATTAACAGGTTGGCTTGCGGGAGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAAAACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCCACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgtt < 2:418248‑M1/298‑22 (MQ=255) agagTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgtt < 2:79758‑M1/298‑22 (MQ=255) gagTTTGGCTATCATGCTGGTAATCGCCCTGAGGCTTCAACTAAACGGTTGGCTTGCGGGCGTTCAGGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCATAAAGCACAGTCtt < 2:193382/298‑1 (MQ=255) agTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCACCCCTACTCGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCCCATTattcagggggaaggccccgttga > 2:415294‑M1/1‑275 (MQ=255) tGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCATAAAGCACAGTCTTATACGt < 1:276179/298‑1 (MQ=39) atCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGCAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACCAGCGCAAAATGTATTCACACATGGTTCCGATTTGGGGAAATTATGAGGGGTACGCTCAGTatttatcgggagggcccctttgaaaaccggca > 2:384211‑M1/1‑266 (MQ=255) 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caatccccccTAATGCTTAGACTAACAGGTGGGCTTGCGGGAGTTAATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGGCGGAAATCGAAACTTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCATAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAgatg < 2:354127/291‑1 (MQ=14) aaTCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCATAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAgatgat < 1:210285/298‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGGAATTAAGAGGGGATCTCTAAGTGCTTTGAACAAAGCCAAGCTTTATACTTTCCTTACAAGATGAtt > 2:46648/1‑298 (MQ=11) 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tGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCATAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAATATTTTATGGTAAt < 1:238058/298‑1 (MQ=255) ggggcttcaggcTGAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCATGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGGACTCTCAACAGTTGGCTTAGGGATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagtttttaacctgagattgttaaagatatattacagattaataatat < 2:152301‑M1/293‑80 (MQ=255) gggttCAGGCACAGAAAACAGGTTGGGAAAAGCAATTCCAGGCTAACACAGGCAGAAATAGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTTGCTACACAATAACAAGTGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTAACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagacccgttgaaaacaggaaagtttttaacctgagattgttaaagatatattacagattaataatattc < 2:410968‑M1/296‑82 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |