Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | CP006584 | 1,011,041 | Δ300 bp | intergenic (+21/+62) | LY180_04735 → / ← pflA | hypothetical protein/pyruvate formate lyase‑activating protein |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | CP006584 | 1011041 | 1011340 | 300 | 40 [0] | [0] 40 | LY180_04735/pflA | hypothetical protein/pyruvate formate lyase‑activating protein |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | = 1011040 | 0 (0.000) | 39 (0.950) | 38/578 | 0.2 | 100% | intergenic (+20/+362) | LY180_04735/pflA | hypothetical protein/pyruvate formate lyase‑activating protein |
? | CP006584 | 1011341 = | 0 (0.000) | intergenic (+321/+61) | LY180_04735/pflA | hypothetical protein/pyruvate formate lyase‑activating protein |
ATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATG‑TGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAATCGAATTCCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGAAATTTGCGGCCGGGGGATCAATTCCGCGCGCCCGATGAATTGATCCCGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGAATTGGTCGACAAGCTCCCCGATCCACTA > CP006584/1010752‑1011335 | atggtcgtgtttatgggaatagGAAAAAATTACCAGTCAATAAAGTTTGTTGGGTGGCTCTGGTTGGAGGAGAAAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATG‑TGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAgcagaatga < 2:214422‑M1/288‑10 (MQ=255) 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ggATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAgcagaatgaagcgcggaataaaaaagcggcaactcaataaagttgccgctttacggggaaattagaacattaccttatgaccgtactgctcaagaatgcctttcacgcgttccatggtctctttcttcggtggtctaacaccgtcgagtttgtactcttcacccattgccacccatttgtgtttgcccagctcgtggtaggggagaagctcgattttctcaacgttgcccatatcacgggtaaattcaccgaggcg > 1:102136‑M1/1‑42 (MQ=255) tatGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAgcagaatgaagcgcggaataaaaaagcggcaactcaataaagttgccgctttacggggaaattagaacattaccttatgaccgtactgctcaagaatgcctttcacgcgttccatggtctctttcttcggtggtctaacaccgtcgagtttgtactcttcacccattgccacccatttgtgtttgcccagcccgtgctaggggagaagcccgattttctcaacgttgcccatatcacggctaaattccccgaggccatg > 2:377971‑M1/1‑39 (MQ=255) tatGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAgcagaatgaagcgcggaataaaaaagcggcaactcaataaagttgccgctttacggggaaattagaacattaccttatgaccgtactgctcaagaatgcctttcacgcgttccatggtctctttcttcggtggtctaacaccgtcgagtctctcctcctcccccattgccacccatttgcgtttgcccagcccttggtaggggataacctcgattctcccaacgttccccatatcacggctacactcaccgcagcgctg > 2:105195‑M1/1‑39 (MQ=255) 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ATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATG‑TGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAATCGAATTCCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGAAATTTGCGGCCGGGGGATCAATTCCGCGCGCCCGATGAATTGATCCCGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGAATTGGTCGACAAGCTCCCCGATCCACTA > CP006584/1010752‑1011335 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |