| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 346068 = | NA (NA) | 73 (1.190) | 59/586 | 0.1 | 96.0% | intergenic (‑51/‑107) | LY180_01675/LY180_01680 | CadC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | = 363812 | 3 (0.050) | intergenic (‑39/‑249) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase | |||||
TGCCATCATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGAC > CP006584/345771‑346360 | tGCCTTCATCTCCGCTAGCCAAGCGAAACGCAGGGATCGCCGTCGGTAAGCTTTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGTTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCAc < 2:93850/298‑1 (MQ=255) gCCATCATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACt > 1:162207/1‑298 (MQ=255) gCCATCATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACt > 1:502846/1‑298 (MQ=255) catcatcatCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACtga < 1:539046/298‑1 (MQ=255) atcatcGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGaa > 1:246687/1‑298 (MQ=255) caacgcgcaacgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGa < 1:557556/298‑1 (MQ=255) acgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGCAGAATCCCCTAATGATTTTGGTaa > 2:236241/1‑298 (MQ=255) cATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTaaaaa > 1:172076/1‑298 (MQ=255) ggttctctacggtgaGGTTGTTTCCGCGAACAATGAGTGTCTTCCATACTTCGGCACATAATTAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCa < 2:167067/284‑1 (MQ=255) ggATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCa < 1:567426/298‑1 (MQ=255) 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ttCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATAcaca < 1:241253/298‑1 (MQ=255) cgccgACAATGCTGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGGGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCt < 2:352246/298‑1 (MQ=255) ccgACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAATGCATTAAGCAACGGGTGCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTAATAGTTGAGTATACCATAACAAGGTATAAATGTTTACTGAAAGTTCTTTACACTGATGAACACACTAATGATTTTGGTAAAACACATTTAGTCAAGGCGGACAcccaatttg > 2:256451/1‑293 (MQ=255) gACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCACGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTc > 2:186789/1‑298 (MQ=255) ccAATGCTGTTCTTCCAGAATCAGGCCAATACAAAAGTACTCGATTAAACCACATCGGCACTTTTTGGTAATGTTTCCCTTACAAGAAAAGGGTCTTCGGCGAGACGACTTTTTTCACCCGTTTCGCAATGGATTAAGGCATTAATCGACGGGGCCAGCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTATGGTGGATACACATCTTGTCa < 2:28401/297‑1 (MQ=37) cAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCat > 2:244955/1‑298 (MQ=255) 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cATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAATACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTTTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGTTAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCAGTGATGAATCTCCTAATGATTTTGGTAAAAAACATTAAGTTAAGGTGGATACCCATCTTGTCATATGTTCCAATGGtt > 1:296509/1‑298 (MQ=255) cATACTCCGGCACACAATAAAGAGCGCCAAAAAACCACAGATGCAGTTTTTGCTAAGGATTCCAGCAAAAGAAAATTGTAATCTCCGCGACGACGTGTTGTCCCCGTTTCGCAATGTATAAAGGCATTAATCCACGGGTCCATCCGCCAGTGGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAATGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAGTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGtt < 2:299251/298‑1 (MQ=25) cTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTcgc > 1:173311/1‑298 (MQ=255) 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aaCCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGAtg > 1:301944/1‑298 (MQ=255) aaCCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGAtg < 1:296738/298‑1 (MQ=255) aaCCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGAtg < 1:259001/298‑1 (MQ=255) ccACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGAtgtg < 1:161340/298‑1 (MQ=255) cacaTCGGCATTTTTTTCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGc < 1:87942/298‑1 (MQ=255) acaTCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGc < 2:12889/297‑1 (MQ=255) acaTCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGc > 1:12889/1‑297 (MQ=255) acaTCGGCATTTTTTGCTAATGTTTACAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGAAGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATCCTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTATTGATAGTTCATTGACATGATGAATCACCTATTGAATTTGGAAAACATCATTAAGGTAAGGTGGATCCACATCTTCACTGAAGATAAAATGGTTTCGGTAAAAATCAATCACCAGACACAAAGactggcg > 2:302464/1‑292 (MQ=255) aTCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGaa > 1:82966/1‑298 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |