New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 346068 = | NA (NA) | 87 (1.420) | 76/588 | 0.0 | 98.9% | intergenic (‑51/‑107) | LY180_01675/LY180_01680 | CadC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | CP006584 | = 363812 | 1 (0.020) | intergenic (‑39/‑249) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase |
CATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCT‑CTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGA‑ACAAAACATAACATCAAACGAATCG > CP006584/345777‑346358 | catcatcGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGaa > 1:349830/1‑299 (MQ=255) atcatcGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACACTGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGATAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCTTTTCGCAATGTCTTAAGGCATTAAGCGACTGGTCCATTCGCCAGTTGTTGATAATAATACTTATAGTTGAGTTTCCCTTAACCAGGGAAAAATCTTTCCTGATAGTACTTTTCAcctgtgaaa > 2:37700/1‑291 (MQ=255) atactacaatacgacgcgtaacgcATAGATCGCCCACGCCAAGCTGTTCCCGCCGACAATGTGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGAGCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCGAATTTTTCCAGCAAAATAAAATGGGATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGGTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTGGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAAt < 2:521513/286‑1 (MQ=255) cgcaacgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACTACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCATTTGTTGATAATAATACTAATAGTTTATTTTACCTTAGCAAGGGATAACTGTTTCCTTATAGTGATTTGCACTTATAAATCCCCTCTTGTTTTTgg > 2:508143/1‑299 (MQ=255) cgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTaaaa > 1:333789/1‑299 (MQ=255) cATGGAGCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAAt < 1:24977/299‑1 (MQ=255) aTGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGTCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTAACTTAGCAAGGGATAACTGTTCCATGATAGTGCTTTGCACTGATGAATACCCTAATTATTTTGGTAAAAATc > 2:209170/1‑299 (MQ=255) tGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGAGAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTATCAAGGGATAAATGTTTCCTAATAGTGCTTTGAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAACCa > 2:484792/1‑299 (MQ=255) cGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaag > 2:311224/1‑299 (MQ=255) ttggCATGCTGTTTCCGCCGAAAATGAGGGTCTTCCATACTTCGGTACAATAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAAGGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaagttaag < 2:259763/297‑1 (MQ=255) 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cttcCATACTTCGGCAAATAAATAAAAACCCGATAAAACCAAATCGGCATTTTTTGCTAATGGTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGGCGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATg < 2:540674/299‑1 (MQ=255) aTACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCACGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATAAATCCCCTAATGATTTTGGTTAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATAAAAATCTTGTCATATGACCAAATGGTTTc > 2:207120/1‑299 (MQ=255) tACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTcg > 1:593852/1‑299 (MQ=255) 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aGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTCCGAACTCGATATTTTACACGACTCT‑CTTTCCCAATTCGGCCCCGAATTACACTGAAAACGACTCAACCGCTTACCGTTGCCTTGCCACGCATCACTTCACTGTAAAACTCTAACTACTAACGAACTTGGCCGTACACTGACAACCAAAGCCAGACAAAAAACA‑AAAATCaaccaac > 2:366140/1‑294 (MQ=11) gCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATGTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCT‑CTTTACCACTTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCAAACTTGGCAGTAACATGCCAACCAACCCCAGA‑ACAAACCCTAACATCAACCGAATca > 2:497230/1‑298 (MQ=11) | CATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCT‑CTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGA‑ACAAAACATAACATCAAACGAATCG > CP006584/345777‑346358 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |