| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 1671281 | 2 (0.020) | 112 (1.090) | 99/586 | 0.1 | 98.2% | coding (598/699 nt) | LY180_07865 | GntR family transcriptional regulator |
| ? | CP006584 | = 1686277 | NA (NA) | intergenic (‑107/‑40) | LY180_07935/LY180_07940 | hypothetical protein/DNA invertase | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP006584/1670985‑1671281‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGA < CP006584/1686277‑1685986 AGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATTAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAAC < 2:526106/298‑1AGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCCCCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGCACTCCCTTACTTAAAAC > 2:40662/1‑298 TCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGATTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCACATTTTCATATATTGATAATGAATTCGGGATCAAAATCATTGGCAACTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGACATTCCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CTCGACATCACATCCTAAAACCTGATtcat > 2:765506/1‑294 CCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCC < 1:248745/298‑1 GCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATT < 1:898032/298‑1 GCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTGTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATT < 2:398344/298‑1 ACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTG > 2:58343/1‑298 tggGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGGTTATTACAAAAAGGGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAAGTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGT < 2:945875/295‑1 TGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAA > 1:103693/1‑298 ATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCA < 1:808277/298‑1 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CTGGTTAGCATGTTTATTACATAAAGATACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAA < 1:774200/298‑1 TGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAG > 2:815381/1‑298 GTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGT < 1:923547/298‑1 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tTAATGCAGCACAATTAGAAGCAACTTCGATATCAGTAGCACATTTTCCTAAATTAACCTTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAGTGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCTCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATTGTTTCGCGAAAAA < 2:218644/297‑1 ATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGT > 1:458169/1‑271 ATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGT < 2:458169/271‑1 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CCATACTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACG > 1:568801/1‑298 CTTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCG > 1:1017607/1‑298 TTAAAACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGA < 1:227676/298‑1 AGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP006584/1670985‑1671281‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGA < CP006584/1686277‑1685986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |