| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 1671281 | 2 (0.020) | 112 (1.090) | 99/586 | 0.1 | 98.2% | coding (598/699 nt) | LY180_07865 | GntR family transcriptional regulator |
| ? | CP006584 | = 1686277 | NA (NA) | intergenic (‑107/‑40) | LY180_07935/LY180_07940 | hypothetical protein/DNA invertase | |||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
AGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTACGGG > CP006584/1670985‑1671573 | aGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATTAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAAc < 2:526106‑M1/298‑2 (MQ=255) tCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGATTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCACATTTTCATATATTGATAATGAATTCGGGATCAAAATCATTGGCAACTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGACATTCCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CTCGACATCACATCCTAAAACctgattcat > 2:765506‑M1/1‑289 (MQ=255) ctcagtgaggtttgatagcatgctgctaatcgccctgatgagtaaactaacatgttggcttgcgggcggtcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtacgctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGAcc < 2:892434‑M2/17‑1 (MQ=255) cccACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatccc < 1:248745‑M1/298‑13 (MQ=255) atcgttttgatatcatgctgctaatcgctctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgagtggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGc < 1:579973‑M2/22‑1 (MQ=255) gcgttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcccccatggttacgctttggggaaattgtgaaggcatttctcagTACTTAAAATTAACACACCGGCt > 2:616585‑M2/276‑298 (MQ=255) gttttgataccaggctgctaatcgaccggatgcttcaactaacaagttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatagaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCtgt < 2:211205‑M2/25‑1 (MQ=255) 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AGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCC‑CACGAGATCCCATACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTACGGG > CP006584/1670985‑1671573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |