| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 347397 | 118 (1.150) | 114 (1.110) | 99/584 | 0.1 | 65.6% | intergenic (+14/‑444) | LY180_01680/LY180_01685 | hypothetical protein/flagellin |
| ? | CP006584 | 363805 = | 2 (0.020) | intergenic (‑32/‑256) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase | |||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
AGCCGAACGAGCAGCTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAA‑TATTTTATGGTAATAGGATTATTCTTAATCACTATATGGCGTGGAAATGTAACGAAATGACAGGACAGGTACAATAGCCAAATGTGT‑ACTATTTGCAACGCAATGTAAATTTT‑GGCATCAGTACATTGAGAAGAAAACGCGTTAATTGATGGTAATCTTAACTATATCAAGCGTTTGATAAAGACATATTTTGATACCTGGCCATGTGGCAGATATTGCTAATAATCTTTTTATC > CP006584/347102‑347694 | gCCGAACGAGCAGCTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCt > 1:569623/1‑298 (MQ=31) gAGCAGCTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑Ta > 1:111282/1‑298 (MQ=33) gcagagagagtttgTGTCTCATGCGGCTGATAGCCCTGATGATGCAAATAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATTGTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACATGCAGGCTAAGACAGTCAGAAAGCGAACAGTACTCTCAACAGTGCGCTGAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagc < 2:606543‑M1/294‑16 (MQ=255) tttGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaa < 1:44209‑M1/298‑27 (MQ=255) tttGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCCTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATAc > 1:72700/1‑298 (MQ=38) cATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaag < 1:262685‑M1/298‑35 (MQ=255) tgctgcTAATGGCCCTGATGCTGCAACTAACCTGTTGGCTTGCGGGCGATCAGGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACGTCCAGGCTAACAAAGTCAGAAATCGACACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagtt < 2:820686‑M1/298‑37 (MQ=255) gctgctAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagttt < 1:546804‑M1/298‑38 (MQ=255) gctAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGCAgat > 1:291700/1‑298 (MQ=255) tAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACGGTCTTATACGTCCCTGAGAAgatga > 1:799001/1‑298 (MQ=255) gCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagtttttaacccgag > 2:122787‑M1/1‑251 (MQ=255) cccTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagtttttaacctgaga < 1:402034‑M1/298‑49 (MQ=255) cccTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagtttttaacctgaga < 1:1008820‑M1/298‑49 (MQ=255) gATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCg < 1:340271/298‑1 (MQ=255) tGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCCGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAATTTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagtttttaacctgagattgtta > 1:50686‑M1/1‑244 (MQ=255) gCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCTGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGa < 1:720215/298‑1 (MQ=255) gCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGa > 1:344078/1‑298 (MQ=255) cTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagtttttaacctgagattgttaaa < 1:973154‑M1/298‑57 (MQ=255) aaCTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACCAAATAACAAGGGCAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTCCTAGCTCAAACTTTATTCGCACATGGTTCAGCTTTGGGGCAATTATGAGGGGATTTCTACGTattaagcgagatagccccgtttaaacaaggacagtttttaaatgtagatatttaaagata > 2:551667‑M1/1‑238 (MQ=255) aaCATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAa‑ta > 1:412776/1‑298 (MQ=255) tGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAA‑TAtttt > 1:128943/1‑298 (MQ=255) ggattGCTGGCGTTCAGTATCAGAGACAAGGTTGTGACAAGCACTGCAAGGCTAACACAGGCAGGAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTTGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATGCTGGCTAAACAATAACAAGGTAAGACTTACTCGTGGCTTCAAACCTACGAGCTCAAGAGTTATTCACACATGGTTACTCTTGGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAA‑TATTTGATgg < 2:258083/295‑1 (MQ=255) 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ggATCTCTCAGTattcagcgggagagccccgttgaaaacaggaaagtttttaacctgagattgttaaagatatattacagattaataatattcttaaaatgtggtaatttattaaatctgtaataaaagcgtaaacaactgccgctaggcttgctgatcccgcgcaacaaaacgccatgctttgcttgcagatggttggcaaccgacgacagtcctgctaaaacgttcgtttgatatcatttttcctaaaattgaatggcagagaatcatgagtgacagccagacgctggtggtaaaa < 1:110417‑M1/298‑287 (MQ=255) tctcAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAA‑TATTTTATGGTAATAGGATTATTCTTAATCACTATATGGCGTGGAAATGTAACGAAATGACAGGACAGGTACAATAGCCAAATGTGT‑ACTATTTGCAACGCAATGTAAATTTT‑GGCATCAGTACATTGAGAAGAAAACGCGTTAATTGATGGTAATCTTAACTATATCAAGCGTTTGATAAAGACATATTTTGATACCTGGCCATGTGGCAGATATTGCTAATAATCtt > 1:425118/1‑298 (MQ=255) tcAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAA‑TATTTTATGGTAATAGGATTATTCTTAATCACTATATGGCGTGGAAATGTAACGAAATGACAGGACAGGTACAATAGCCAAATGTGT‑ACTATTTGCAACGCAATGTAAATTTT‑GGCATCAGTACATTGAGAAGAAAACGCGTTAATTGATGGTAATCTTAACTATATCAAGCGTTTGATAAAGACATATTTTGATACCTGGCCATGTGGCAGATATTGCTAATAATCtttt < 1:376279/298‑1 (MQ=255) | AGCCGAACGAGCAGCTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTGCTTTGCA‑TAAAGCACAGTCTTATACGTCCCTGAGAAGATGATTTTTCTGCGTGATAACTAA‑TATTTTATGGTAATAGGATTATTCTTAATCACTATATGGCGTGGAAATGTAACGAAATGACAGGACAGGTACAATAGCCAAATGTGT‑ACTATTTGCAACGCAATGTAAATTTT‑GGCATCAGTACATTGAGAAGAAAACGCGTTAATTGATGGTAATCTTAACTATATCAAGCGTTTGATAAAGACATATTTTGATACCTGGCCATGTGGCAGATATTGCTAATAATCTTTTTATC > CP006584/347102‑347694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |