| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 347397 | 118 (1.150) | 114 (1.110) | 99/584 | 0.1 | 65.6% | intergenic (+14/‑444) | LY180_01680/LY180_01685 | hypothetical protein/flagellin |
| ? | CP006584 | 363805 = | 2 (0.020) | intergenic (‑32/‑256) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase | |||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CACTCTCCGCTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTTGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTA‑AAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCTGGTGGTAAAACTCGGCACCAGT > CP006584/363509‑364102 | agccgaacgagcagctcagagagttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtAt > 1:285258‑M2/297‑298 (MQ=255) gaacgagcagctcagagagttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAg > 1:542183‑M2/293‑298 (MQ=255) cTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctg > 1:525068‑M2/1‑295 (MQ=255) tcagggagtttttatatcatgctgctaatctccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGccc < 2:448038‑M2/17‑1 (MQ=255) cAAACTCCACTTCCCCACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATTCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatccccta > 1:174422‑M2/1‑283 (MQ=255) tttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGaaaa < 1:44209‑M2/26‑1 (MQ=255) aCTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatcccctaatg < 1:508855‑M2/298‑19 (MQ=255) 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catgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAg < 1:262685‑M2/34‑1 (MQ=255) tgctgctaatggccctgatgctgcaactaacctgttggcttgcgggcgatcaggctcagaaacaaggttgggacaagcacgtccaggctaacaaagtcagaaatcgacacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGtt < 2:820686‑M2/36‑1 (MQ=255) gctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGttt < 1:546804‑M2/37‑1 (MQ=255) taatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagtATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAAc < 1:394609‑M2/42‑1 (MQ=255) cATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatcatt > 1:453440‑M2/1‑262 (MQ=255) cATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatccccaaatgattttggtaaaaatcatt < 1:927701‑M2/298‑37 (MQ=255) 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CACTCTCCGCTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTTGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTA‑AAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCTGGTGGTAAAACTCGGCACCAGT > CP006584/363509‑364102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |