| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 2385052 | 2 (0.020) | 80 (0.780) | 71/586 | 0.5 | 97.6% | coding (727/1026 nt) | LY180_11390 | microcin C ABC transporter permease |
| ? | CP006584 | 2565084 = | NA (NA) | intergenic (+70/‑107) | LY180_12185/LY180_12190 | D‑serine dehydratase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TTCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTG > CP006584/2384756‑2385348 | ttCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGc < 1:9818‑M1/298‑2 (MQ=255) gtgTTTGGGCTGATGCTGACTCTCGGGTTCAGCGGGATGGGCGTGCTGGCGGGGGGGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATTTCTGGGGGCAAGGCTTTATTGGAGTATGGTAGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctg < 2:101194‑M1/297‑4 (MQ=255) tGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaa < 1:465666‑M1/298‑9 (MQ=255) ttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcaGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCa > 1:616276‑M1/277‑298 (MQ=255) tctGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatcccctaatgattttgg < 1:968740‑M1/298‑26 (MQ=255) ctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaattccttaggggattcaccaGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCACCCtgcgcct < 2:64380‑M1/38‑4 (MQ=255) ttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcaGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCata > 1:289750‑M1/259‑298 (MQ=255) 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atcaGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTGGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATGTTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCt < 2:221414‑M1/294‑1 (MQ=255) GCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGCTAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCATGCCCCGTGGCTTGGTATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTTTTTGCTTATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGCCTCAATTGATCCtaata < 2:856356‑M1/298‑1 (MQ=255) cGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGgtg < 1:59340/298‑1 (MQ=255) | TTCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTG > CP006584/2384756‑2385348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |