| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 2385052 | 2 (0.020) | 80 (0.780) | 71/586 | 0.5 | 97.6% | coding (727/1026 nt) | LY180_11390 | microcin C ABC transporter permease |
| ? | CP006584 | 2565084 = | NA (NA) | intergenic (+70/‑107) | LY180_12185/LY180_12190 | D‑serine dehydratase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATGTATGACATGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCG > CP006584/2564787‑2565374 | gtGTAGGACGTGGTTGGCGGGCTGGGGCGGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAGCCTTCGGCACTGGGGGGTATGGCCGGACCTCTGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGAc < 2:282560/297‑1 (MQ=255) gTATGACATGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACtg > 1:908967/1‑298 (MQ=255) tGACATGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGCTGCACGGTTGCAGCGCAGAACAACTGCGTAATCCCACACCTCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGCAGAAGAGATGAATCAAGATCTGGCCAAAGGACGTTAATAACGGTACAACGCAGCAACGCAATCATCTCCATGGGCGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACtgatg > 2:92493/1‑298 (MQ=255) tGACATGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACtgatg > 1:794805/1‑298 (MQ=255) cATGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAAt > 1:917473/1‑298 (MQ=255) tGCTTGGCTGGCGGGCGGAGGGAGAGGGTGTTGGGCTGGGACTTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGAGCCTCAGT‑GCGTGTTTGCATCAGTAAGTTACCAACAGGTGGACGGGTTCAGCGCAGAACAGCTGCGTAATACCACTCAGCTGGTGGGGGCGAGGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTGATGACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATcc < 2:671253/298‑1 (MQ=255) gCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATccc < 1:570038/298‑1 (MQ=255) 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aaCCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGAt < 1:336930/298‑1 (MQ=255) cTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGAATTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATaca > 1:162502/1‑298 (MQ=255) aCTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCCAGGGCGCAGACTTAAGACTGATGAACCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAATAAGGTAAAGGGGATaccaaacttg > 2:451879/1‑290 (MQ=255) 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gcgcAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCaaa < 1:931312/298‑1 (MQ=34) cgcAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAAc < 1:842931/298‑1 (MQ=34) ttcgtgACTGATTAATCCCCTCATTATCTGGGTAAAAATCGTTAAGTTAAGGTGGATACACACCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAAGCAATAATCAGACACCAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTTCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACGCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCg < 2:335655/293‑1 (MQ=11) | ATGTATGACATGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGC‑GCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCG > CP006584/2564787‑2565374 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |