New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 1665266 = | NA (NA) | 77 (1.200) | 67/584 | 0.1 | 98.7% | intergenic (‑237/+13) | LY180_07835/LY180_07840 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | CP006584 | 1671273 = | 1 (0.020) | coding (590/699 nt) | LY180_07865 | GntR family transcriptional regulator |
AACTTCCAGACTTGCACCAGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTC > CP006584/1664970‑1665552 | aaCTTCCAAACGTCCACCAGACGCTTAAACGCTTAGGGCCAGCAAAAACCCCTACGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACGGTCGTTGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCt < 2:556330/298‑1 (MQ=255) 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aTGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGACGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCTTGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTGGACGCATCCGGGCGATTagccgc > 2:13796/1‑298 (MQ=255) gAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCAt < 1:563098/298‑1 (MQ=255) aaCTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGa < 1:352022/298‑1 (MQ=255) aaCTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGa > 1:20777/1‑298 (MQ=255) taAATTGTAAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCACCAAAGCGTAACCATGTGAGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAACCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATACCGCAAAACTTCCAGGCCTAAGCGCACTGTTGAGAGTACGTTTCTATTTCTGACGTTATTAGCCTGCAAATGCTTGTCCCAACCTTGTTTTTGAGCTTGAACTCCAGCAAGCAAACATGTTTATTGAAGCTTAAGGGCGATTAACAGCATGAAATCaaa > 2:155978/1‑298 (MQ=11) aTTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACg > 1:216365/1‑298 (MQ=37) gTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTATTTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGctc < 1:44969/298‑1 (MQ=25) ggTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAgct > 2:243094/1‑298 (MQ=33) tGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTc > 2:238080/1‑298 (MQ=32) | AACTTCCAGACTTGCACCAGACGCTGAACCGCTTAGTGCCAGCAAAACACCCAGCGTCAATCTACTGAATTTCGTTGTCAGTCCAGAGGATTTACGCAAATTAACCGTCGATGTTTTACCTGCCCTGCGAGTTAATTCCGAGCAGGCCTGAAATACCTGTAGAGTGCAATTCCATATCACGCGATAGATTCTATTCATATAAACGCTCCATATACAAACAATACAGCCACGAAAGAGATGAGTCGTCAGACATTAAAAATGAAACTTATTAAATTGTCAGAGGTCTGTATTGAGTGCTGAGAGATCCCCTCATAATTTCCCCAAAGCGTAACCATGTGTGAATAAATTTTGAGCTAGTAGGGTTGCAGCCACGAGTAAGTCTTCCCTTGTTATTGTGTAGCCAGAATGCCGCAAAACTTCCATGCCTAAGCGAACTGTTGAGAGTACGTTTCGATTTCTGACTGTGTTAGCCTGGAAGTGCTTGTCCCAACCTTGTTTCTGAGCATGAACGCCCGCAAGCCAACATGTTAGTTGAAGCATCAGGGCGATTAGCAGCATGATATCAAAACGCTCTGAGCTGCTC > CP006584/1664970‑1665552 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |