| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 1665266 = | NA (NA) | 77 (1.200) | 67/584 | 0.1 | 98.7% | intergenic (‑237/+13) | LY180_07835/LY180_07840 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | 1671273 = | 1 (0.020) | coding (590/699 nt) | LY180_07865 | GntR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TTGAAGTGCAGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCC > CP006584/1670976‑1671564 | cgagcagctcagagcgttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAAt < 2:154745‑M2/10‑1 (MQ=255) ttCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaa < 1:520528‑M1/298‑9 (MQ=255) gagcgttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAgg > 1:174416‑M2/278‑298 (MQ=255) aCTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatccccta > 2:533210‑M1/1‑283 (MQ=255) gttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCtgt < 1:234699‑M2/25‑1 (MQ=255) cGACTGAGCTGGATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCCTTGGCCCCTTTGAAATTTTCTCCCCTACTTTTCTCACCCCATAAATCGCCAGTATTTTACGACACCGCCAAAAAGACCCCAAACTTAAAActgatgactcccatatgcactt > 2:408931‑M1/1‑276 (MQ=255) gACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGAGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatcccctaatgatttt < 2:398773‑M1/298‑24 (MQ=255) 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tgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTc < 1:547983‑M2/55‑1 (MQ=255) gTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatcattaagttaaggt < 1:13390‑M1/298‑47 (MQ=255) caactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTAc < 1:190443‑M2/60‑1 (MQ=255) 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TTGAAGTGCAGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCC > CP006584/1670976‑1671564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |