| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,653,231 | Δ2,028 bp | IS5‑mediated | [yhiS]–[yhiD] | [yhiS], slp, dctR, [yhiD] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3652132–3653236 | 3655258 | 2023–3127 | 15 [12] | [0] 85 | insH1–[yhiD] | insH1, yhiS, slp, dctR, [yhiD] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3653230 | NA (NA) | 85 (1.360) | 42/214 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3655259 = | 0 (0.000) | coding (644/648 nt) | yhiD | putative Mg(2+) transport ATPase, inner membrane protein | |||||
TGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGT > NC_000913/3655127‑3655395 | ctattctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTg < 2:389273‑M2/7‑1 (MQ=255) ttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa < 2:947183‑M2/10‑1 (MQ=255) ttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa < 1:142586‑M2/10‑1 (MQ=255) ttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa < 1:505150‑M2/10‑1 (MQ=255) gcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCAcccc < 2:415392‑M2/23‑1 (MQ=255) tactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 1:1411776‑M2/28‑1 (MQ=255) aattcactgtcggcgaaggtaagatgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgtccgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCtttt > 2:355896‑M2/104‑139 (MQ=255) attcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTta < 1:485305‑M2/37‑1 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaataa > 1:1216760‑M2/99‑139 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaataa > 1:1355568‑M2/99‑139 (MQ=255) ggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCaa < 2:1216760‑M2/47‑1 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAAc > 1:957531‑M2/92‑139 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAAc > 2:594502‑M2/92‑139 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAAc < 2:753824‑M2/48‑1 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAAc < 2:832444‑M2/48‑1 (MQ=255) atgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGa > 2:1101854‑M2/78‑139 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGc > 2:277682‑M2/71‑115 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGc < 1:277682‑M2/45‑1 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTtgtg > 2:1261780‑M2/71‑139 (MQ=255) tgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCAt < 2:247956‑M2/73‑1 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGaa > 2:657217‑M2/64‑139 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAg < 1:1101854‑M2/77‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccc > 1:33139‑M2/53‑53 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccc < 2:33139‑M2/1‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCt > 2:557225‑M2/53‑54 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCt < 1:557225‑M2/2‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa > 1:1341097‑M2/53‑80 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 2:1341097‑M2/28‑1 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa > 1:312783‑M2/50‑59 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa < 2:312783‑M2/10‑1 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCa < 1:336212‑M2/72‑1 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCa > 2:336212‑M2/48‑119 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCg < 1:594502‑M2/93‑1 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc < 2:72619‑M2/95‑1 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc < 1:657217‑M2/95‑1 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAcc < 1:782195‑M2/96‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagagacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTg < 1:509404‑M2/80‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagagacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTg > 2:509404‑M2/40‑119 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCt > 2:1333897‑M2/32‑139 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTaataat < 1:1171320‑M2/42‑1 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTaataat > 2:1171320‑M2/31‑72 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCg > 1:1233661‑M2/31‑91 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCg < 2:1233661‑M2/61‑1 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:891484‑M2/52‑1 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt > 2:891484‑M2/27‑78 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCAtt > 1:1483202‑M2/27‑139 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa > 2:22693‑M2/26‑53 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 1:22693‑M2/28‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa > 2:172446‑M2/20‑47 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 2:1266691‑M2/28‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa > 1:1266691‑M2/20‑47 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 2:631575‑M2/28‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 1:172446‑M2/28‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa > 1:631575‑M2/20‑47 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATg < 2:687623‑M2/74‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATg > 1:687623‑M2/20‑93 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc < 2:989798‑M2/95‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc > 1:989798‑M2/20‑114 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGc > 1:1477004‑M2/20‑139 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGc > 2:599160‑M2/20‑139 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGc > 2:584384‑M2/20‑139 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGc > 1:631541‑M2/20‑139 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATg < 1:15351‑M2/74‑1 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATg > 2:15351‑M2/17‑90 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACt > 1:1048464‑M2/17‑115 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACt < 2:1048464‑M2/99‑1 (MQ=255) 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ccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGt > 2:732556‑M2/3‑139 (MQ=255) | TGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGT > NC_000913/3655127‑3655395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |