| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5984491 | 45 (1.070) | 13 (0.370) | 10/220 | 2.4 | 23.6% | intergenic (+31/+58) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| ? | NC_002947 | = 5984511 | 47 (1.350) | intergenic (+51/+38) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGT > NC_002947/5984348‑5984640 | gCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:634770/150‑1 (MQ=255) cTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg < 1:370543/150‑1 (MQ=255) cTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg < 2:53273/150‑1 (MQ=255) cGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCgg < 2:878998/150‑1 (MQ=255) ggTAGTTCGGTTGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 1:179211/149‑1 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:1040368/134‑1 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:1040368/1‑134 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAACCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtag > 2:238693‑M1/1‑132 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgc > 1:936477‑M2/1‑148 (MQ=255) tCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcg < 2:637734‑M1/150‑24 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcgg < 2:678873‑M1/150‑25 (MQ=255) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcggg < 2:110706‑M1/150‑26 (MQ=255) ggCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAACCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcgg > 1:692694‑M1/1‑122 (MQ=255) ggCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAACCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcgg < 2:692694‑M1/146‑25 (MQ=255) cTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttac > 1:215542‑M2/1‑140 (MQ=255) cTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAgcgggtttac > 1:514055‑M2/1‑140 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcgg < 1:493478‑M1/143‑25 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacc > 2:299631‑M2/1‑139 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAgcgg < 2:493478‑M2/143‑5 (MQ=255) cAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGTTGGTGTCGCTGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttaccc > 1:220490‑M2/1‑138 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaa < 1:892439‑M2/150‑18 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaa < 1:788966‑M2/150‑18 (MQ=255) cggcggGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagag > 1:968867‑M2/1‑130 (MQ=255) cggcggGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagag > 2:892439‑M2/1‑130 (MQ=255) gcggGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggc > 1:985261‑M2/1‑128 (MQ=255) gggCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGACTATCGCCTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCa < 2:349690/150‑1 (MQ=38) tGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAgg < 2:788966/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACACGCTCCTACGGTCGGCTGTAGCGGCGGGGTTA‑CCCGCGTAGAGGCCCGTACAgg > 1:899306/1‑150 (MQ=39) 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cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatc < 2:247599‑M2/90‑66 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatc > 1:247599‑M2/1‑25 (MQ=255) cccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGCGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:346295/1‑150 (MQ=25) ccGCtcctacggtcggctgtaggggcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctga < 2:493478‑M1/143‑140 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctgagccaccg < 2:678873‑M2/150‑127 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctga < 1:493478‑M2/143‑120 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacac > 1:815162‑M2/1‑24 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacac < 2:815162‑M2/112‑89 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactga > 1:696132‑M2/1‑24 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactga < 2:696132‑M2/81‑58 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccagtacaggttatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctgagcc < 2:692694‑M2/146‑123 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccagtacaggttatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctgagcc > 1:692694‑M2/1‑24 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:148828/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:904932/1‑150 (MQ=255) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctgagccaccga < 2:637734‑M2/150‑128 (MQ=255) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTc < 2:1680/150‑1 (MQ=255) gCccctacagccgaccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctgagccaccgaa > 1:936477‑M1/1‑2 (MQ=255) gCccctacagccgaccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc < 2:435746‑M1/44‑43 (MQ=255) gCccctacagccgaccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 1:435746‑M1/1‑2 (MQ=255) cTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGt < 2:590152/150‑1 (MQ=255) | GCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGT > NC_002947/5984348‑5984640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |